检测巨细胞病毒基因突变(变异),UL97和UL54,哪些是与抗病毒药物的抵抗
这个测试是不是有用的巨细胞病毒感染的早期诊断
这个测试使用下一代测序来评估是否变异(突变)与抗病毒阻力存在于相关的基因UL97和UL54。
后就可以进行这项试验定量核酸扩增试验结果表明,增加或稳定,巨细胞病毒的病毒载量患者在适当的抗病毒治疗。
下一代测序(门店)
巨细胞病毒的门店
巨细胞病毒耐药
巨细胞病毒测序
巨细胞病毒的抗病毒抗
UL97
UL54
接下来一代测序测试
更昔洛韦
Cidofovir
磷甲酸
后就可以进行这项试验定量核酸扩增试验结果表明,增加或稳定,巨细胞病毒的病毒载量患者在适当的抗病毒治疗。
等离子体EDTA
这个测试不是为了巨细胞病毒(CMV)感染的早期诊断。如果需要一个诊断测试,订单CMVQN /巨细胞病毒(CMV) DNA检测和量化实时PCR、等离子体。
下一代测序检测可能表示如果病人知道巨细胞病毒感染有上升,或稳定,病毒载量在抗病毒治疗。这个测试可以帮助决定是否巨细胞病毒是目前获得的突变(变异)与抗病毒阻力,只能对病人有最近执行(即前7天内)巨细胞病毒定量血浆病毒载量500国际单位/毫升或更高。
巨细胞病毒耐药性测试应该执行没有比每隔4周更频繁。
巨细胞病毒病毒载量的变化0.5日志或更高版本被认为是重要的,可能会促使病毒耐药检测如果病人适当的治疗。
等离子体提交下一代测序(门店)测试一定是7天内收集的病毒载量测定(CMVQN /巨细胞病毒(CMV) DNA检测和量化实时PCR、等离子体或类似的测试)和500国际单位/毫升或更大的结果。
1。立即冻结血浆标本,标本和船舶在干冰冷冻。
2。如果货物将推迟超过14天,冷冻血浆标本在-20至-80摄氏度(30天)直到装船干冰。
| 问题ID | 描述 | 答案 |
|---|---|---|
| CMVQ1 | 巨细胞病毒定量> = 500国际单位/毫升持续7天吗? | 是的 没有 |
供应:Sarstedt整除管,5毫升(T914)
收集容器/管:薰衣草(EDTA)
提交集装箱/管:塑料碗
样品数量:1.2毫升
收集产品说明:离心机和整除等离子塑胶瓶。
附加信息:新一代测序7日内必须收集的等离子体的病毒载量测定(即CMVQN) 500国际单位/毫升或更大的结果。
如果不是电子订购,完成,打印和发送微生物测试请求(T244)标本。
1毫升
| 严重溶血 | 好吧 |
| 总脂血 | 好吧 |
| 标本类型 | 温度 | 时间 | 特种集装箱 |
|---|---|---|---|
| 等离子体EDTA | 冷冻(首选) | 30天 | |
| 冷藏 | 14天 |
检测巨细胞病毒基因突变(变异),UL97和UL54,哪些是与抗病毒药物的抵抗
这个测试是不是有用的巨细胞病毒感染的早期诊断
这个测试使用下一代测序来评估是否变异(突变)与抗病毒阻力存在于相关的基因UL97和UL54。
后就可以进行这项试验定量核酸扩增试验结果表明,增加或稳定,巨细胞病毒的病毒载量患者在适当的抗病毒治疗。
巨细胞病毒(CMV)是一种DNA病毒的seroprevalence大约50%在美国。急性感染可无症状或导致mononucleosis-like疾病免疫活性的个人。急性感染后,病毒进入潜伏状态。复活的病毒会出现,特别是如果一个病人成为免疫抑制。免疫抑制患者也在严重急性感染的风险更高。巨细胞病毒疾病可能范围从先天性疾病、视网膜炎、胃肠道炎症、脑炎和肺炎。
治疗巨细胞病毒通常涉及抗病毒药物以及减少免疫抑制的程度(如果适用和医学上为宜)。目前,anti-CMV药物绑定和抑制病毒激酶(UL97基因产物)或病毒DNA聚合酶(UL54基因产物)。
有许多可用的化验检测巨细胞病毒的存在。定量化验报告巨细胞病毒DNA的数量现在和可用于监测病毒载量在患者巨细胞病毒疾病的风险以及评估抗病毒治疗反应。崛起的巨细胞病毒病毒载量(即增加>之间或= 0.5日志样本)与巨细胞病毒疾病的风险增加,可能表明治疗失败(即抗病毒耐药)如果病人适当的治疗。
某些突变(变异)UL97和UL54已经与抗病毒阻力有关。这个测试使用新一代测序分析的序列UL97和UL54。确定突变报告如果他们之前与巨细胞病毒耐药性和出现在至少15%的序列分析。本试验使用一个数据库的已知resistance-associated突变,定期更新新的突变在科学文献中报道。
没有检测到/没有预测
如果检测到resistance-associated突变(变种),病人的抗病毒疗法可能需要调整的最佳反应。
如果没有resistance-associated检测到突变,它仍然是重要的评估病人的临床反应和定量病毒载量之前确定,容易感染病毒治疗方案(见注意事项)。
预测每个抗病毒药物耐药性单独报告。
预测抵抗抗病毒药物可能是也可能不是一个与预测抗力移转到其他相关药物。
这个试验的目的是检测resistance-associated基因突变(变异)UL97和UL54。只有突变(变异)已经在文献中报道给予抗病毒阻力和包含在序列分析报告。识别电阻突变可能存在,没有在这个分析报告。此外,之前报道resistance-associated突变可能不会导致耐药表型在所有情况下。
准确性:
巨细胞病毒(CMV)耐药性的准确性由下一代测序(上天)试验是确定测试结合临床和血浆样品。临床样本相比Sanger测序的结果表现在另一个大型参考实验室。飙升样品比较预期的结果。28临床血浆样本中检测Sanger测序和捷试验,观察整体协议为96.4%(27/28)的确定整体的耐药性(表1)。
表1。门店和桑格排序的比较测定抗病毒耐药在临床血浆样本(n = 28)。
解释了桑格排序预测
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门店预测数量的解释
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易受影响
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更昔洛韦耐药性
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Cidofovir阻力
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磷甲酸阻力
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易受影响
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11
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0
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0
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0
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更昔洛韦耐药性
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0
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16
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0
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1 (*)
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Cidofovir阻力
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0
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0
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1
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0
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磷甲酸阻力
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0
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0
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0
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2
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(*)这个示例展示了A692S等位变异(授予磷甲酸阻力)UL54桑格测序,但M460I和M460V等位变异(赋予更昔洛韦阻力)UL97检测到门店。
数据分析的个体resistance-associated变异,并显示以下结果:
表2。
变异检测到Sanger测序
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UL97
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UL54
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德尔598 - 603
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A594V
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C603W
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C607Y
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H520Q
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L595S
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L595W
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M460V
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M460I
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A692S
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A987G
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L501F
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V781I
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没有检测到
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对照组
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变异检测到门店的数量
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UL97
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德尔598 - 603
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1
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A594V
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3
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C603W
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1
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C607Y
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0
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1(一)
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H520Q
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5
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L595S
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5
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L595W
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1
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M460V
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3
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1(b)
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1(c)
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M460I
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0
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1(c)
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UL54
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A692S
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0
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A987G
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1
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L501F
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1
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V781I
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2
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没有检测到
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1(d)
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1(c)
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11
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对照组
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0
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(一)这个标本显示C607Y变体患病率(15.7%)UL97上天;然而,这种变异在初始测试没有发现Sanger测序。桑格测序利用流行阈值为20%。相比之下,总会在分析利用患病率较低阈值的15%。这个样本的预测阻力由化验是一样的。
(b)这个标本显示M460V变体患病率(19.3%)UL97上天;然而,这种变异在初始测试没有发现Sanger测序。桑格测序利用流行阈值为20%。相比之下,总会在分析利用患病率较低阈值的15%。这个样本的预测阻力由化验是一样的。
(c)这个标本显示A692S变体UL54桑格(赋予耐磷甲酸);但是,没有UL54变异检测到门店。捷分析发现两个变体UL97(M460V M460I),但桑格没有生成一个结果UL97由于可怜的序列。数量不够的第三种方法进行测试。
(d)这个标本显示C607Y变体UL97桑格测序。这变种是探测到门店,但在患病率为9.02%。这些标本的预测阻力由化验是一样的。
补充的数量正样本通过临床血浆样本,进行强化研究。16 analyte-negative血浆样本上升与质粒含有已知变异带来阻力,然后由捷化验分析。捷试验表现出整体协议百分比为87.5%(14/16)与预期的结果(在变异级别)在初始测试。不和谐的分析之后,捷分析显示整体协议100% (16/16)。
检测极限:
这个试验的检测极限成立为500国际单位/毫升。
分析特异性:
特异性决定使用一组病毒常见血液随着CMV-positive血浆样品中不含有抗性变异。此外,基本的局部比对搜索工具(爆炸)分析UL97和UL54引物序列。的UL97和UL54引物是具体包含巨细胞病毒核酸的标本。没有在野生型中发现巨细胞病毒变异血浆样本。没有交叉反应的生物被爆炸的引物序列分析。
1。周年代,Ercolani RJ Sahoo MK, et al:提高新兴耐药突变检测巨细胞病毒亚种群通过深度测序。Antimicrob代理Chemother。2014年8月,58 (8):4697 - 4702
2。Garrigue我Moulinas R, Recordon-Pinson P, et al:下一代测序的贡献的早期检测巨细胞病毒UL97新兴突变体和病毒亚种群分析肾移植受者。中国微生物学报。2016年7月,80:74 - 81
3所示。Razonable RR:耐药巨细胞病毒:特定突变的临床意义。当今器官移植2018年8月,23 (4):388 - 394
4所示。Houldcroft CJ,科比JM, Depledge DP等:低频率检测耐多药和小说在免疫功能不全的假定的maribavir抵抗小儿巨细胞病毒患者。Microbiol前面。2016年9月9日,7:1317
这个测试需要放大的巨细胞病毒UL97和UL54基因聚合酶链反应(PCR),紧随其后的是下一代测序(上天)放大PCR产品使用MiSeq (Illumina公司)。测序结果与参考数据库的基因突变(变异)之前报道与抗病毒耐药有关。只有UL97和UL54基因测序。上天的使用允许这个化验检测resistance-associated突变,即使它们出现在序列分析的一个子集。突变报告如果他们出现在15%或更大的序列读取分析。(未发表的梅奥法)
周一
这个测试开发,其性能特征由梅奥诊所的方式与CLIA要求一致。这个测试没有被清除或得到美国食品和药物管理局的批准。
87910年
| 测试Id | 测试顺序的名字 | 订单LOINC价值 |
|---|---|---|
| CMVNG | 巨细胞病毒耐药性的门店,P | 72852 - 7 |
| 结果Id | 测试结果的名字 | 结果LOINC值
仅适用于测量结果表示在单位最初报告的执行实验室。并不适用于这些值转换为其他单位的测量结果。
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|---|---|---|
| 604560年 | 巨细胞病毒UL97突变 | 72833 - 7 |
| 604561年 | 巨细胞病毒UL54突变 | 33631 - 3 |
| 604562年 | 更昔洛韦耐药性 | 72854 - 3 |
| 604563年 | Cidofovir阻力 | 72856 - 8 |
| 604564年 | 磷甲酸阻力 | 42317 - 8 |
| CMVQ1 | 巨细胞病毒定量> = 500国际单位/毫升持续7天吗? | 86955 - 2 |