帮助调查单个菌种可能爆发
my帮助识别个体病人复发性感染
| 测试i | 报表名称 | 单独可用 | 一贯性能 |
|---|---|---|---|
| 生物圈 | 生物信息再分析 | 否, | 号 |
| RMALD | 识别MALDI-TOF质量特征 | 否, | 号 |
| ISAE系统 | eobe标识语义 | 否, | 号 |
| REFID系统 | 附加识别程序 | 否, | 号 |
| RMALA | Id MALDI-TOF质量Spec Anaerobe | 否, | 号 |
| 安达 | Anaerobe标识 | 否, | 号 |
| 伊安市 | Anaerobe定序标识 | 否, | 号 |
需要生物识别所有提交细菌都将测试生物识别不正确或不完整,最终分析结果无效实验室可执行矩阵辅助激光解吸/电离质谱测量或Reflex测试所列其他测试,确认识别并报告附加电荷
yabo208请求重新分析先前提交的隔离与新隔离比较时,Mayo诊所实验室将添加生物信息学再分析原病人提交信息(名称和顺序号)必须提供
整体基因组顺序
宝安第
A.巴南尼
aciobacterbaunnii
极乐斯
细菌打字
C稀疏
C.difficle
克隆稀疏
克隆稀疏
knemo
K肺炎
K.肺炎
klebsiella肺炎
klebsiella肺炎综合症
内核
L.内核
giolla肺部
MRSA
MSSA系统
下一Gene顺序
S.极乐斯
斯塔夫
整体基因组顺序
ss
Echoae
E.ecloae市
隐式cloae
jewini/coli
C.Jejuni/coli
Campylobckerjuni
C.池井
Campylobcter大肠杆菌
C.西里岛
Efaecalis
E.排泄物
incoccus排泄物
incoccusfaecium
Efaecium
E.斐契
NGS系统
Ecoli
E.西里岛
esherichia大肠杆菌
Paruginosa
P.Aeruginosa
伪可多那斯aeruginosa
smarcescens
S.马克森斯
塞拉提亚马塞森斯
寄生物
S.yogenes
strepcoccus寄生物
打字
GAS系统
GBS系统
A组Strep
B组Strep
形形体
苏鲁斯
斯敏德米迪斯
Slugduniss
S.Agalactiee系统
S.后院
S.浮点数
Staphilococcusa
Staphilococcus
stophilococcuslugdunis
strepcoccus算法
Cacnes
C.acnes
库迪巴氏菌
Pacnes
P.acnes
原生acriuma
克隆词类解密
需要生物识别所有提交细菌都将测试生物识别不正确或不完整,最终分析结果无效实验室可执行矩阵辅助激光解吸/电离质谱测量或Reflex测试所列其他测试,确认识别并报告附加电荷
yabo208请求重新分析先前提交的隔离与新隔离比较时,Mayo诊所实验室将添加生物信息学再分析原病人提交信息(名称和顺序号)必须提供
变迁
aciobacterbaunnii,Campylobckerjuni/coli,克隆稀疏原型克隆稀疏)库蒂巴契高山市Propionibacterium)acnes,隐式cloae,incoccus排泄物,incoccusfaecium,esherichia大肠杆菌,klebsiella肺炎,giolla肺部,伪可多那斯aeruginosa,塞拉提亚马塞森斯,Staphilococcusa,台风库库斯后院,台风库库斯浮点数,strevtococcusAgalactiee系统并strepcoccus寄生物测试方法
或ANIDE/Organism转移识别解毒细菌
开工运输信息见传染性样板运输指南.
二叉大型传染容器分片并标为物学代理物/传染物
3级将提交全基因组排序的所有隔离点(所有病人和/或网站比较)放在大包中并寄送同一批容器使用此方法比较隔离器时有必要使用此方法
开工生物识别标本源
二叉aciobacterbaunnii:隔离必须是宝安第.识别宝安第复杂和abaunnii/caceticus复杂程序不可接受
3级隐式cloae:孤立者必须是成员Echoae复杂问题进化器briae隐式bugandens,Echoae,Ecooae子类,Echoae子类溶解器,隐式hormaechei子类ormaechei,内行子北,Enterobacterludwigi,隐式xiangfensis)
4级klebsiella肺炎:孤立者必须是成员K肺炎复杂问题K肺炎,K肺炎子类肺炎,K肺炎子类ozae或K肺炎子类rhinoscleromatis)
5级yabo208Mayo诊所实验室网站注册邮箱需要报告交付
| 问题ID | 描述性 | 答案解析 |
|---|---|---|
| Q00M0047 | Specimen源码(必备)和生物识别(必备) |
有氧细菌
用品:大型传染容器(T146)
容器/管道:Agar倾斜
样本量 :单片agar斜坡纯文化
集合指令 :
开工隔离细菌aciobacterbaunnii,Campylobckerjuni/coli,隐式cloae,incoccus排泄物,incoccusfaecium,esherichia大肠杆菌,klebsiella肺炎,giolla肺部,伪可多那斯aeruginosa,塞拉提亚马塞森斯,Staphilococcusa,台风库库斯后院,台风库库斯浮点数,strevtococcusAgalactiee系统,或strepcoccus对子.
二叉细菌隔离必须存在于纯文化中,并积极生长不提交混合文化
3级单片必须单列提交
解氧细菌
用品:
Anaerobe运输Tube(T588)
大型传染容器
容器/管道:
首选取氧传输管
可接受性eoglycolateBroth或任何其他合适的厌氧运输系统
样本量 :单接传输管纯文化
集合指令 :
开工隔离细菌克隆稀疏或库蒂巴契[Propionibacterium万事通acnes)
二叉不直接提交CHROMAGAR板增长亚培养反氧介质获取纯隔离并提交前确认识别
3级细菌隔离必须存在于纯文化中,并积极生长不提交混合文化
4级单片必须单列提交
非电子排序完整打印发送微生物测试请求T244标本
| 阿加尔板 | 拒绝 |
| 特征类型 | 温度学 | 时间轴 | 专用容器 |
|---|---|---|---|
| 变迁 | Ambient(首选) | ||
| 冷冻 | |||
帮助调查单个菌种可能爆发
my帮助识别个体病人复发性感染
需要生物识别所有提交细菌都将测试生物识别不正确或不完整,最终分析结果无效实验室可执行矩阵辅助激光解吸/电离质谱测量或Reflex测试所列其他测试,确认识别并报告附加电荷
yabo208请求重新分析先前提交的隔离与新隔离比较时,Mayo诊所实验室将添加生物信息学再分析原病人提交信息(名称和顺序号)必须提供
细菌菌株打字可能有助于确定可能异族传播或社区暴发时与菌株相关联性串行隔离取自同位病人可打字评估相似性打字可能允许对同种2个或2个以上隔离区进行歧视,这可通知诊断突发事件、异族传播或识别个体患者的潜在感染源
Pulse-field电阻学传统上用于线程打字,但并不总是区分不同的菌株(例如2种遗传异变菌株可能有无法分辨的PFGE模式)。整体基因组测序比PFGE提供更高层次的遗传关联性解析
以隔离报告为关联性 或非关联性
单片组数将判定并与其他共提交数组数组比较报表将显示隔离点之间的关联度链接解析报告发送到客户端提供注册邮箱地址
基因组关联性无法证明测试细菌分离物与流行病学相关建立流行病学关系需要与临床和流行病学信息相关联昆虫联系可归结为:可建立细菌菌株患者之间的常见接触,显示高度遗传关联性与其他类型染色打字相似(eg,脉冲电磁),基于序列的菌株打字最强显示遗传异性,降低菌株分享类似源的可能性
开工Cunningham SA公司,Chia N公司,Jeraldo PR等全基因排序方法比较 分析三种抗药性StaphiloccusaJClin微生物2017;55(6):1946-1953.doi;10.1128/JCM.00029-17
二叉ParkKH,GreenwoodQuaintanceKE,UhlJR等2015年单大明尼苏达医疗中心StaphilococcusaePLOS一号2017;12(6):e0179003.doi:10.1371/journal.pone.0179003
3级MadiganT公司、CunninghamSA公司、PatelR公司等完全基因排序抗药性Staphilococcusaeus(MRSA)新生儿重症护理单元突发调查感染控制HOSEptimol2018年39(12):1412-1418.doi:10.1017/ice.2018.239
4级树E、飞范 NgT、MacCanellD等分子流行病学插文:CarrollK编译临床微生物学手册十二大编辑ASM出版社2019:167-196
后全基因组排序 提交单片MiSeq使用核心基因组多路数打字分析SeqSphere+软件里多姆GmbHAleclic剖面图将用来生成显示隔离关联性色树LeopoldSR、GoeringRV、WittenA等:重新研究细菌全基因排序:可移植可扩缩和标准化分析以打字检测病毒和抗生素基因JClin微生物2014;52[7]:2365-2370)
每周一次
测试开发完成,性能特征由maioClinic以符合CLIA要求的方式确定测试未经美国食品药管局审核或批准
0010U-Bactrial打字机
87900-Bioin信息再分析
87077-标识MALDI-TOF质谱
87153-Aerobe识别顺序
87077-附加识别程序
87076-Id MALDI-TOF质谱反射
87076-Anaerobe标识
87153-Anaeo
| 测试i | 测试顺序名 | 指令LOINC值 |
|---|---|---|
| BTWGS | 细菌打字机 全基因组Seq | 90246-0 |
| 结果Id | 测试结果名 | 结果LOINC值
仅适用于执行实验室最初报告的单位计量结果值并不适用于转换为其他度量单位的结果
|
|---|---|---|
| BTWGS | 细菌打字机 全基因组Seq | 90246-0 |