确定hiv - 1基因型突变与抵抗核苷酸和非核苷逆转录酶抑制剂、蛋白酶抑制剂、整合酶菌株转移抑制剂
引导启动或改变联合抗逆转录病毒治疗的人,包括儿童,与hiv - 1感染
更多信息见艾滋病毒治疗监测算法
逆转录聚合酶链反应(rt - pcr)其次是针对下一代测序(门店)
艾滋病(获得性免疫缺陷综合征)
艾滋病毒基因分型
艾滋病病毒耐药性
hiv - 1耐药突变分析
对耐药hiv - 1的基因
hiv - 1基因突变分析
接下来一代测序测试
人类免疫缺陷病毒(HIV)
更多信息见艾滋病毒治疗监测算法
等离子体EDTA
这个测试的目的是为探测和识别药物在血浆标本resistance-associated hiv - 1基因型变异的个体之前或同时接受抗逆转录病毒药物联合治疗。
请求这个测试之前,病人必须有一个确认血浆hiv - 1 RNA水平(即病毒载量)1000拷贝/毫升前30天内或更高。HIVQN / hiv - 1 RNA检测和量化,等离子体可以提供这个先决条件测试结果。交替,如果患者的病毒载量是未知的,顺序HIQDR / hiv - 1 RNA量化与反射基因型耐药性逆转录酶,蛋白酶、整合酶抑制剂、等离子体,它将执行病毒载量紧随其后的是基因型,如果合适。
首次诊断艾滋病毒、秩序HIVDX / HIV - 1和HIV - 2抗原和抗体的诊断评估、等离子体。
如果货物将推迟超过24小时,冷冻血浆样品在-70摄氏度(35天)直到装船干冰。
以下ask-at-order条目的问题必须回答的时候测试点测试申请表(马克回答如果不是订购电子):
hiv - 1 RNA水平拷贝/毫升30天=(选择答案选项)
< 1000
1000年到1000000年
1000001年到10000000年
> 10000000
注意:测试要求提交标本少于1000拷贝/毫升(不是足够用于测试),“不,”或没有响应将被取消。
供应:整除管,5毫升(T465)
收集容器/管:薰衣草(EDTA)
提交集装箱/管:塑料碗
样品数量:2.2毫升
收集产品说明:
1。离心机血液收集管和整除等离子体成塑胶瓶每收集管制造商的指令(如离心机和整除2小时内收集BD真空采血管管)。
2。冻结整除等离子装运。
附加信息:标本提交hiv - 1的基因必须包含1000拷贝/毫升以上的hiv - 1 RNA。
0.8毫升
严重溶血 | 好吧 |
总脂血 | 好吧 |
总值黄疸 | 好吧 |
标本类型 | 温度 | 时间 | 特种集装箱 |
---|---|---|---|
等离子体EDTA | 冷冻(首选) | 60天 | |
冷藏 | 7天 |
确定hiv - 1基因型突变与抵抗核苷酸和非核苷逆转录酶抑制剂、蛋白酶抑制剂、整合酶菌株转移抑制剂
引导启动或改变联合抗逆转录病毒治疗的人,包括儿童,与hiv - 1感染
更多信息见艾滋病毒治疗监测算法
抗病毒抗可能妥协的功效等患者接受抗逆转录病毒疗法(ART)治疗HIV1感染。当联合治疗失败时,检测和分析的抗病毒药物resistance-associated病毒基因型突变可以指导必要的改变艺术抑制病毒复制(即减少病毒载量),从而改善患者的结果。
hiv - 1 RNA病毒感染细胞,然后转化为互补DNA病毒逆转录酶的行动(RT)基因产物。RT没有校对能力因此,包含病毒DNA中的错误。这些错误是转录成感染性病毒颗粒,当病毒DNA转录成RNA。同样,酶蛋白酶催化聚合蛋白质生产肽活性病毒复制所必需的。虽然艺术(核苷和nonnucleoside逆转录酶抑制剂、蛋白酶抑制剂、和/或整合酶菌株转移抑制剂)可以有效地降低病毒载量,基因型突变引起的药物针对hiv - 1基因由于抗病毒治疗选择压力将导致抗病毒抗可能妥协这样的治疗。
扩增和分析药物针对HIV-gene序列允许识别核苷酸碱基的变化和相关的氨基酸密码子,可能导致抗病毒耐药。变异等基因型的变化被认为是通过比较患者的HIV病毒株的序列数据的野生型艾滋病毒菌株。这些基因型变异的重要性与抗病毒抗然后由一组解释规则由共识的领域的权威专家小组hiv - 1的阻力。相关数据在一个公认的科学会议上发表在同行评议期刊或认为共识面板在发展中这些规则。必要时,可靠的未发表的耐药性数据已知共识小组成员可能被认为是在这个过程中。共识的解释规则更新面板后每年审查新出版的hiv - 1基因型耐药突变的数据。
一个将提供解释报告。
可检测的HIV - 1基因型的抗病毒药物产生抗性突变是报告为氨基酸密码子改变(如M184V)产生的核酸基础改变,根据解释算法斯坦福艾滋病毒数据库的程序。密码子突变分类和解释数据与此前发布的表型抗病毒药物敏感性测试等港口的病毒突变。每个密码子突变被分配一种药物点球得分和总分产生所有的突变相关的特定的抗病毒药物是用来估计水平药物的耐药性。这些解释规则可能会定期更新由斯坦福艾滋病毒数据库团队审查新发布的数据后,HIV - 1基因型药物resistance-associated密码子突变。
敏感(SUSC)表明,密码子突变出现在患者的hiv - 1病毒尚未与抗性相关的特定药物(斯坦福HIVdb总分0到9)。
潜在的低阻力(PLR)表明,密码子突变检测与可能降低易感性相关的具体药物(斯坦福HIVdb分数10至14)。
低电阻(LR)表明,密码子突变检测与降低易感性有关特定药物(斯坦福HIVdb得分15 - 29)。
接触电阻(IR)表明,密码子突变检测与降低易感性相关的特定药物(斯坦福HIVdb得分30 - 59)。
高级耐(人力资源)表明,密码子突变检测与最大减少有关特定药物易感性(斯坦福HIVdb >或= 60)。
无法获得基因型表明,序列数据质量差的确定存在与否resistance-associated密码子突变患者的hiv - 1病毒。这种可怜的序列数据的可能原因包括多态性在该地区的测序引物干扰引物结合和随后的测序反应,或低病毒载量(即< 1000拷贝/毫升)。
不确定显示的试验无法可靠确定抗病毒抗因为聚合酶链反应抑制剂的存在或模糊或不完整的病毒序列产生的分析目标。
由于结果生成的复杂性,国际艾滋病基因型和表现型Society-USA小组推荐专家的解释测试结果为病人护理管理。抗病毒治疗病人的反应取决于多个因素,包括病人的病毒数量的百分比是耐药,病人遵守规定的药物治疗,患者获得适当的护理,药物药物动力学和药物的相互作用。耐药性测试结果应该解释只有在结合临床表现及其他实验室标记当治疗决策。
缺乏抵抗药物并不排除水库的存在耐药病毒在受感染的个体。
hiv - 1基因型的测试不是一个耐药性的直接测量。尽管基因型的测试可以检测有关hiv - 1基因变异,这些变异的重要性需要仔细解释预测药敏。这个试验放大的能力目标和检测基因型突变时贫穷和不可靠的血浆hiv - 1病毒载量(重要的)小于1000拷贝/毫升。标本提交这个测试应该包含大于或等于1000拷贝/毫升的hiv - 1 RNA。每分析制造商声称,化验检测小耐药hiv - 1的能力变异在90%甚至更多的hiv - 1 M株不同取决于测试的六世血浆标本;20%或更高的六世1000拷贝/毫升,10%或更高的六世5000拷贝/毫升,和5%或更高的六世15000拷贝/毫升。
药物resistance-associated密码子突变和解释规则的列表使用的斯坦福艾滋病毒数据库由斯坦福大学艾滋病定期更新数据库团队。因此,测试结果不一定包括所有resistance-associated密码子的突变中描述当前的医学文献。
可能的治疗失败的原因除了耐药性的发展贫穷坚持用药,药物效能,和个人药物动力学的变化(如核苷磷酸化不足)。
1。韦伯J,茱莉亚我Sahoo MK Tzou PL,沙佛RW,品英航:前瞻性评估船帆座诊断为hiv - 1基因型耐药性测试新一代测序平台。J摩尔成岩作用。2019年11月,21 (6):961 - 970。doi: 10.1016 / j.jmoldx.2019.06.003
2。Avila-Rios年代,帕金N, Swanstrom R, et al:下一代测序艾滋病毒耐药性测试:实验室、临床和实现方面的考虑。病毒。2020年6月5日,12 (6):617。doi: 10.3390 / v12060617
3所示。雷蒙德,Nicot F, F Abravanel, et al:绩效评估的船帆座Dx圣淘沙岛下一代DNA测序系统hiv - 1基因型耐药性。中国微生物学报。2020年1月,122:104229。doi: 10.1016 / j.jcv.2019.104229
4所示。成人和青少年抗逆转录病毒专门委员会的指导方针:指南的使用抗逆转录病毒药物在成人和青少年感染艾滋病毒。美国卫生和人类服务部。2022年1月20日更新。2022年3月29日通过。可以在https://clinicalinfo.hiv.gov/sites/default/files/guidelines/documents/guidelines-adult-adolescent-arv.pdf
这个测试使用fda批准,商用圣淘沙岛平方hiv - 1的基因分析,新一代测序分析基于“合成测序”的方法。试验的目的是生成2扩增子(约1500个碱基对(bp)和大约1000 bp的长度)生成的公关/ RT -和INT-coding地区,分别为hiv - 1基因的测序。密码子的位置1到99年,到387年,和1到288的公关,RT -,和INT-coding地区,分别,随后分析了临床相关分析软件的密码子替换。
临床血浆标本进行自动化的hiv - 1 RNA提取和纯化,其次是hiv - 1逆转录聚合酶链反应的目标序列,与系统控制和积极控制包含在每个试验运行质量控制目的。自动化DNA库执行准备使用放大产品,包括酶的剪切、适配器结扎、净化、正常化,DNA模板前准备和测序。测序反应进行的圣淘沙岛SQ301音序器,分析了装配序列数据和使用专利分析和解释软件应用程序。HIV - 1病毒耐药性的解释是基于最新版本的算法实现斯坦福大学艾滋病病毒耐药性数据库(HIVdb;斯坦福大学)使用5%的变异检测中断阈值设定的分析制造商。(说明书:圣淘沙岛平方hiv - 1基因分型检测用户手册。船帆座诊断;版本1.0,11/2020)
星期一到星期五
这个测试已经清除、批准或由美国食品和药物管理局是免税的,按照制造商的说明使用。性能特征验证了梅奥诊所的方式符合CLIA需求。
0219 u
测试Id | 测试顺序的名字 | 订单LOINC价值 |
---|---|---|
HIVDR | hiv - 1基因型耐药性,P | 90901 - 0 |
结果Id | 测试结果的名字 | 结果LOINC值
仅适用于测量结果表示在单位最初报告的执行实验室。并不适用于这些值转换为其他单位的测量结果。
|
---|---|---|
616052年 | hiv - 1基因型耐药性,P | 80689 - 3 |
616729年 | hiv - 1 M组亚型 | 83325 - 1 |
616737年 | 干扰素有(t) ide RT突变 | 45175 - 7 |
616918年 | 逆转录酶基码失败 | 过程中 |
616738年 | Abacavir | 30287 - 7 |
616739年 | 地达诺新 | 30284 - 4 |
616740年 | Emtricitabine | 41402 - 9 |
616741年 | 拉米夫定 | 30283 - 6 |
616742年 | 司他夫定 | 30286 - 9 |
616743年 | 替诺福韦 | 41396 - 3 |
616744年 | 齐多夫定 | 30282 - 8 |
616745年 | Nonnucleoside RT突变 | 45176 - 5 |
616746年 | Doravirine | 91897 - 9 |
616747年 | 依法韦伦 | 30291 - 9 |
616748年 | Etravirine | 52749 - 9 |
616749年 | 奈韦拉平 | 30289 - 3 |
616750年 | Rilpivirine | 68463 - 9 |
616751年 | 蛋白酶突变 | 33630 - 5 |
616919年 | 蛋白酶失败的密码子 | 过程中 |
616752年 | Atazanavir +例如 | 49618 - 2 |
616753年 | 内+例如 | 49630 - 7 |
616754年 | Fosamprenavir +例如 | 51409 - 1 |
616755年 | Indinavir +例如 | 49619 - 0 |
616756年 | Lopinavir +例如 | 42000 - 0 |
616757年 | 奈非那韦 | 30294 - 3 |
616758年 | Saquinavir +例如 | 49621 - 6 |
616759年 | Tipranavir +例如 | 49622 - 4 |
616760年 | 整合酶基因突变 | 61199 - 6 |
616920年 | 整合酶基码失败 | 过程中 |
616761年 | Bictegravir | 90080 - 3 |
616762年 | Cabotegravir | 96566 - 5 |
616763年 | Dolutegravir | 72857 - 6 |
616764年 | Elvitegravir | 72526 - 7 |
616765年 | Raltegravir | 72525 - 9 |
HIRVL | HIV RNA水平拷贝/毫升< 30天= | 89543 - 3 |
618206年 | HIVDR_PR-RT_SEQ: | 不需要LOINC |
618207年 | HIVDR_INT_SEQ: | 不需要LOINC |