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测试Id:TBNGS

这个测试顺序

耐药性的结核分枝杆菌复杂,分子检测标记,全基因组测序,各不相同

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概述

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有用的
建议临床疾病或设置的测试可能是有益的

分子检测耐药性变异的文化隔离结核分枝杆菌复杂的

可以提供更快速检测耐药表型,体贴的测试

协助解决的矛盾的结果使用表型检测方法米肺结核不充分可行的隔离,以便培养测试

突出了

这个分析可以提供结果一周内与表型体贴或可以为原料化验,平均14天产生的结果。此外,这种试验可能是有用的作为一个援助的决议不符表型结果或在实例隔离不长得足够好,允许表型测试。

测试算法
划定的情况下当测试被添加到最初的秩序。这包括反射和额外的测试。

全基因组测序(WGS)结核分枝杆菌执行复杂的隔离紧随其后评价选择感兴趣的基因特征明显,药物resistance-conferring变体。

传统的体贴,表型耐药测试也应该执行,因为并不是所有基因与内阻力有关米肺结核复杂的基因组已经被完全阐明或在这个测试评估。如果希望使用传统的体贴的表型耐药测试,添加TB1LN /抗菌药物敏感性,结核分枝杆菌复杂,第一行,各不相同;TB2LN /敏感性,结核分枝杆菌复杂,第二行,各不相同;和TBPZA /敏感性,结核分枝杆菌复杂,吡嗪酰胺,各不相同。

特殊指令
图书馆的pdf文件,包括相关信息并形成相关的测试

方法名称
一个简短的描述方法用于执行测试

全基因组测序

纽约的状态
表明纽约国家批准的状态,如果测试是公开为纽约州立客户定货。

是的

报告名称
列出了短或缩写为一个测试版本的发布名称

结核分枝杆菌敏感性,复杂,上天

别名
列表附加测试常见的名字,作为一个帮助搜索

接下来一代测序测试

结核分枝杆菌药敏试验

全基因组测序检测

测试算法
划定的情况下当测试被添加到最初的秩序。这包括反射和额外的测试。

全基因组测序(WGS)结核分枝杆菌执行复杂的隔离紧随其后评价选择感兴趣的基因特征明显,药物resistance-conferring变体。

传统的体贴,表型耐药测试也应该执行,因为并不是所有基因与内阻力有关米肺结核复杂的基因组已经被完全阐明或在这个测试评估。如果希望使用传统的体贴的表型耐药测试,添加TB1LN /抗菌药物敏感性,结核分枝杆菌复杂,第一行,各不相同;TB2LN /敏感性,结核分枝杆菌复杂,第二行,各不相同;和TBPZA /敏感性,结核分枝杆菌复杂,吡嗪酰胺,各不相同。

标本类型
描述了标本类型验证测试

不同

额外的测试需求

如果希望使用传统的体贴的表型耐药测试,添加TB1LN /抗菌药物敏感性,结核分枝杆菌复杂,第一行,各不相同;TB2LN /敏感性,结核分枝杆菌复杂,第二行,各不相同;和TBPZA /敏感性,结核分枝杆菌复杂,吡嗪酰胺,各不相同。

装船指示

看到传染性标本运输指南在特殊指令

必要的信息

1。标本来源是必需的。

2。生物识别是必需的;如果没有提供生物识别将反折的CTBID /文化被识别,分枝杆菌和诺卡氏菌属,随额外的费用。

3所示。识别法是必需的(如核酸杂交探针,matrix-assisted激光解吸/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS), DNA测序,线性探针测定)。

标本要求
定义了执行测试所需的最佳标本和首选的体积来完成测试

供应:传染性容器,大(T146)

样品类型:分枝杆菌肺结核复杂的隔离在纯培养。隔离5周以上或不是一个纯粹的文化可能需要亚文化对新鲜,孤立发展的周转时间的结果可能被推迟。

容器/管:麦德布鲁克(7 h10或7 h11)中等偏;增长的肉汤培养基(如分枝杆菌生长指示管[7 h9]汤)或Lowenstein-Jensen中等偏可以发送,但结果可能会被推迟,因为亚文化周转时间可能需要麦德布鲁克琼脂培养基。生物体在混合物可能会导致额外的费用隔离和标识。

样品数量:隔离与可见的增长在固体介质;如果送汤,3毫升以上的肉汤培养要求。

收集产品说明:

1。生物必须在纯培养,积极成长。不提交混合文化。

2。将标本放在一个大传染性容器和标签作为病原体/传染性物质。

特殊指令
图书馆的pdf文件,包括相关信息并形成相关的测试

形式

拒绝原因
识别标本类型和条件可能会导致样品被拒绝

琼脂板
混合的文化		 拒绝

样品稳定性信息
提供了一个描述运输所需的温度进行实验室的标本,替代还包括可接受的温度

标本类型 温度 时间 特种集装箱
不同 环境(首选)
冷藏

有用的
建议临床疾病或设置的测试可能是有益的

分子检测耐药性变异的文化隔离结核分枝杆菌复杂的

可以提供更快速检测耐药表型,体贴的测试

协助解决的矛盾的结果使用表型检测方法米肺结核不充分可行的隔离,以便培养测试

测试算法
划定的情况下当测试被添加到最初的秩序。这包括反射和额外的测试。

全基因组测序(WGS)结核分枝杆菌执行复杂的隔离紧随其后评价选择感兴趣的基因特征明显,药物resistance-conferring变体。

传统的体贴,表型耐药测试也应该执行,因为并不是所有基因与内阻力有关米肺结核复杂的基因组已经被完全阐明或在这个测试评估。如果希望使用传统的体贴的表型耐药测试,添加TB1LN /抗菌药物敏感性,结核分枝杆菌复杂,第一行,各不相同;TB2LN /敏感性,结核分枝杆菌复杂,第二行,各不相同;和TBPZA /敏感性,结核分枝杆菌复杂,吡嗪酰胺,各不相同。

临床信息
讨论了生理学、病理生理学和一般临床方面,与实验室测试

结核病患者疾病管理的一个重要组成部分的测试结核分枝杆菌复杂分离耐一线和二线antituberculous药物。表型基于细菌耐药性测试常常使用汤的方法,因为他们执行比例比对照的琼脂更快速的方法。然而,即使快速汤方法需要大约14天文化和身份的隔离M肺结核可以执行复杂的敏感性测试之前。

整个基因组测序(WGS)测试提供良好的分子检测耐药性变异米肺结核复杂的测序米肺结核隔离。它的目的是帮助一线和二线antituberculous阻力的检测代理包括异烟肼、利福平、乙胺丁醇、吡嗪酰胺、氟喹诺酮类原料药(莫西沙星和氧氟沙星)和氨基糖甙类链霉素、卡那霉素、阿米卡星)。这种测试评估选择感兴趣的基因包括:

药物/毒品类

基因

异烟肼

ahpC

fabG1

韩国仁荷

katG

利福平

rpoB

乙胺丁醇

embB

吡嗪酰胺

pncA

氟喹诺酮类原料药

gyrA

氨基糖甙类

eis

gidB

rpsL

rrs

参考价值
描述参考区间和附加信息的解释测试结果。可能包括在适当的时间间隔根据年龄和性别。间隔Mayo-derived,除非另有指定。如果一个提供解释报告,参考价值字段将这个状态。

检测结果报告为变体或未检测到变异。

解释
提供信息,协助解释测试结果

查询基因的变异检测分枝杆菌肺结核复杂,高度与耐药相关报道随着频率的检测基因与表型相关验证的研究基于细菌耐药性全基因组测序方法。例如,检测的rpoBS450L变体将报告为“rpoBS450L”和评论将被包含在报告说“可能耐利福平;173年的一项研究,隔离,35/35(100%)的隔离带有这种变异基因对利福平耐药。”

如果没有检测到变异与耐药有关米肺结核复杂的分离,一个“不”变异检测结果报告连同的频率隔离在验证研究显示表型基于细菌耐药性评估基因的变体。例如,如果没有检测到的变体gyrA基因,该报告将显示“未检测到变异”和评论说“在173年的一项研究隔离,22/23(95.7%)的氟喹诺酮类耐药隔离有变体gyrA”。

基因变异的未知意义不报道。

注意事项
讨论了条件,可能会导致诊断的混乱,包括样本收集和处理不当,不恰当的测试选择、干扰物质

梅奥诊所的基因变异数据库包含380多个高信任度变体在选定的基因中分枝杆菌肺结核复杂,与耐药性密切相关。可能还有其他查询基因的遗传变异,或额外的基因不检查,有一个未定义的关联与阻力米肺结核复杂。因此,传统的表型抗菌素耐药性测试需要补充基因型的测序结果。

缺乏一个基因变异分析并不表明,分离是容易的抗菌剂,因为并不是所有的基因米肺结核复杂的组合查询和因为基因变异的影响目前未知。

检测的变异并不意味着表型表达的基因可能不是阻力,可以用低水平表达,或者可能非功能。

临床参考
对临床性质的深入阅读的建议

1。Kozyreva VK、Truong氯Greninger,克兰德尔J, Mukhopadhyay R,查图尔维迪V:验证和实施临床实验室改进Act-Compliant全基因组测序的公共卫生微生物实验室。中国Microbiol。2017年8月,55 (8):2502 - 2520

2。谢伊J, Halse助教,拉皮埃尔P, et al:全面的全基因组测序和报告耐药性的临床病例资料结核分枝杆菌在纽约州。中国Microbiol。2017年6月,55岁(6):1871 - 1882

3所示。坎贝尔PJ,摩洛克医生,赛克斯RD, et al:分子检测与一线和二线药物耐药性相关的突变与常规药敏试验结核分枝杆菌。Antimicrob代理Chemother。2011年,55岁(5):2032 - 2041

特殊指令
图书馆的pdf文件,包括相关信息并形成相关的测试

方法描述
描述如何执行测试并提供method-specific参考

结核分枝杆菌复杂的分离细胞溶解和基因组核酸纯化和量化。图书馆准备执行全基因组测序用纯化的50到100 ng米肺结核复杂的DNA和Illumina公司TruSeq Nano DNA库准备装备。图书馆准备后,样品测定的数量和汇集在一个多路复用的Illumina公司音序器,paired-end全基因组测序。获得的序列相比米肺结核参考基因组(应变H37Rv)来识别变异。变体评论和解释完成通过对比发现的任何变体与梅奥经验数据库和报告任何匹配的变体。至少40 x位置覆盖,覆盖20 x变体,15%的变异频率相比H37Rv需要参考基因组之前报告的一个变种。变异的未知意义不报道。(未发表的梅奥法)

PDF报告
表明报告包括一个额外的文档是否与图表、图像或其他丰富的信息

没有

天(s)
概述了天测试执行。这个领域反映了天,样品必须在测试实验室开始测试过程,包括任何样品制备和测试执行之前处理时间。列出了一些测试,不断进行,这意味着化验白天多次执行。

星期二,星期四

报告可用
时间的间隔(收到样品在梅奥诊所实验室结果可用)考虑标准设置和周末。yabo208第一天的时间通常是结果可用。最后一天的时间可能需要,占任何必要的重复测试。

7到14天

样品保留时间
轮廓的时间在测试标本保存在实验室之前就会被丢弃

1年

执行实验室的位置
表明实验室的位置执行测试

罗彻斯特

费用
几个因素决定执行一个测试的费用收取。联系你的美国或国际区域经理建立费用表的信息或了解更多关于资源优化测试的选择。

  • 授权用户可以登录测试价格费用的详细信息。
  • 客户没有测试价格可以联系亚搏一天24小时,一周7天。
  • 潜在客户应该联系他们的区域经理。寻求帮助,请联系亚搏。

测试的分类
提供信息关于医疗器械分类为实验室测试工具和试剂。测试可以分为清除或通过美国食品和药物管理局(FDA)和每个制造商使用说明,或产品,不接受FDA审查和批准,并贴上一个分析物特定试剂(ASR)产品。

这个测试开发,其性能特征由梅奥诊所的方式与CLIA要求一致。这个测试没有被清除或得到美国食品和药物管理局的批准。

CPT编码信息
提供指导在决定适当的当前程序的术语(CPT)代码(s)为每个测试或概要信息。梅奥诊所上市CPT编码反映实验室的解释CPT编码需求。yabo208每个实验室有责任来确定正确的CPT编码用于计费。

CPT编码由执行实验室提供。

81479年

LOINC®信息
提供指导在确定逻辑观察标识符名称和代码(LOINC)值的顺序和结果代码的测试。LOINC表演实验室提供的值。

测试Id 测试顺序的名字 订单LOINC价值
TBNGS 结核分枝杆菌敏感性,复杂,上天 94053 - 6
结果Id 测试结果的名字 结果LOINC值
仅适用于测量结果表示在单位最初报告的执行实验室。并不适用于这些值转换为其他单位的测量结果。
TBOR 生物识别 9825 - 1
脑外伤 文化隔离从标本来源 31208 - 2
602791年 rpoB 94065 - 0
603383年 rpoB解释 89489 - 9
603384年 katG 94054 - 4
603385年 katG解释 89488 - 1
603386年 韩国仁荷 94055 - 1
603387年 韩国仁荷解释 89488 - 1
603388年 fabG1 94056 - 9
603389年 fabG1解释 89488 - 1
603390年 ahpC 94057 - 7
603391年 ahpC解释 89488 - 1
603392年 embB 94058 - 5
603393年 embB解释 89491 - 5
603394年 pncA 94059 - 3
603395年 pncA解释 92242 - 7
603396年 gyrA 94060 - 1
603397年 gyrA解释 89487 - 3
603398年 gidB 94061 - 9
603399年 gidB解释 89490 - 7
603400年 rrs 94062 - 7
603401年 rrs解释 89490 - 7
603402年 rpsL 94063 - 5
603403年 rpsL解释 89490 - 7
603404年 eis 94064 - 3
603405年 eis解释 89490 - 7
603535年 方法 85069 - 3

测试设置资源

设置文件
测试设置信息包含测试文件定义支持订单细节和结果之间的接口梅奥诊所实验室和实验室信息系统。yabo208

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样品报告
正常和异常样本报告作为参考提供报告的外观。

正常的报告|异常报告

如果样品报告
国际体系(SI)的单位报告提供有限数量的测试。这些报告仅用于国际帐户,只可以通过MayoLINK账户已定义接收他们。

如果正常的报告|如果异常报告