跟进异常生化结果,通常很长链脂肪酸与过氧化物酶病障碍测试一致
建立相关的酶分子诊断患者的疾病
识别在基因变异与过氧化物酶病有关,允许预测高危家庭成员的测试
这个测试利用下一代测序检测单核苷酸和拷贝数变异在28日与过氧化物酶病相关的基因疾病:ABCD1、ABCD3 ACOX1 ACOX3, agp, AMACR,猫,DNM1L, GNPAT, HSD17B4, PEX1, PEX10, PEX11B, PEX12, PEX13, PEX14, PEX16, PEX19, PEX2, PEX26, PEX3, PEX5, PEX6, PEX7, PHYH, SCP2, SUGCT TRIM37。看到目标基因和酶方法细节障碍基因面板特别说明和方法描述额外的细节。
鉴定致病变种可能协助诊断、预后、临床管理、家族性筛选和遗传咨询过氧化物酶病障碍。
额外的第一层测试可能被视为/推荐。更多信息见点指导。
测试Id | 报告名称 | 可单独购买 | 总是表现 |
---|---|---|---|
FIBR | 成纤维细胞培养 | 是的 | 没有 |
CRYOB | 生物化学研究同行 | 没有 | 没有 |
序列捕获和有针对性的下一代测序随后聚合酶链反应(PCR)和Sanger测序。
Acatalasemia
酰coa氧化酶缺乏
Adrenoleukodystrophy-like /相关
Alpha-methylacyl-CoA消旋酶缺乏症;胆汁酸合成缺陷、先天性
先天性defect-5胆汁酸合成
D-bifunctional酶缺乏症;波瑞特综合征
致命脑病,由于有缺陷的线粒体和过氧化物酶病裂变
戊二酸尿三世
脑白质病与肌张力障碍和运动神经病变
Mulibrey侏儒症
接下来一代测序测试
PDP过氧物酶体生物起源障碍
Refsum疾病
Rhizomelic软骨发育异常punctata, 2型(RCDP)
Rhizomelic软骨发育异常有小点的,1型(RCDP)
Rhizomelic软骨发育异常点状的,3型(RCDP)
X与罹
齐薇格
不同
初步的生化检测可能有助于诊断。建议一线生化检测过氧化物酶病障碍分析很长链脂肪酸;订单痘/脂肪酸,过氧化物酶病(C22-C26),血清。
定制的面板和单基因分析对任何基因出现在这个面板是可用的。更多信息见CGPH /自定义面板中,基因遗传,下一代测序,各不相同。
病人准备:先前的骨髓移植同种异体的捐赠会干扰测试。电话800-533-1710说明测试的病人接受了骨髓移植手术。
提交以下标本:只有1
样品类型:全血
容器/管:
首选:薰衣草(EDTA)或黄色大(ACD)
可以接受的:任何抗凝剂
样品数量:3毫升
收集产品说明:
1。反几次混合血。
2。在原始管发送样品。不整除
样品稳定性信息:环境(首选)/冷藏
标本类型:皮肤活组织检查
供应:成纤维细胞活检传输媒体(T115)
容器/管与任何标准细胞培养基:无菌容器(例如,最小的重要媒体,RPMI 1640)。解决方案应该补充青霉素和链霉素为1%。
试样体积:4毫米
样品稳定性信息:冷藏(首选)/环境
附加信息:一个单独的文化电荷将评估在FIBR /纤维母细胞,组织。需要一个额外的4周文化成纤维细胞在基因检测可以发生。
标本类型:培养的成纤维细胞
容器/管:T-25瓶
标本体积:2烧瓶
集合指令:提交汇合的培养成纤维细胞从一个来自另一个实验室的皮肤活检。培养细胞的产前样品不会被接受。
样品稳定性信息:环境(首选)/冷藏(< 24小时)
附加信息:一个单独的文化电荷将评估在FIBR /纤维母细胞,组织。需要一个额外的4周文化成纤维细胞在基因检测可以发生。
标本类型:血液现货
供应:Card-Blood点收集(滤纸)(T493)
容器/管:
首选:采集卡(绘画纸蛋白质节省903纸)
可接受的:PerkinElmer 226(原seppo 226)滤纸,或血液收集卡片
试样体积:5点血
托收指示:
1。另一种血液收集选项1岁以上的病人的手指。看到干血如何收集血液现货教程集合地点:https://vimeo.com/508490782
2。让干血滤纸在水平位置的环境温度至少3小时。
3所示。不暴露标本高温或阳光直射。
4所示。不叠湿标本。
5。保持标本干燥
样品稳定性信息:环境(首选)/冷藏
附加信息:
1。托收指示,请参阅血的地方收集指令在特殊的指令。
2。托收指示在西班牙,看到的血现货Card-Spanish指令集合(T777)在特殊指令。
3所示。托收指示,明白了血现货Card-Chinese指令集合(T800)在特殊指令。
4所示。由于低浓度的DNA产生了从血液,可能可能需要额外的标本来完成测试。
病人准备:病人不应该吃,喝吸烟或嚼口香糖30分钟前集合。
供应:唾液拭子采集设备(T786)
样品数量:1拭子
收集产品说明:收集和发送样品每箱指令。
样品稳定性信息:周围30天
附加信息:由于低浓度的DNA产生唾液,这是可能的,可能需要额外的标本来完成测试。
1。纽约Clients-Informed同意是必需的。请求的文档形式或电子订单,一份文件。下列文件中可用的特别指示:
- - - - - -基因检测的知情同意(T576)
- - - - - -知情同意的基因检测(西班牙语)(T826)
2。分子遗传学:生化紊乱患者信息(T527)在特殊指令
看到标本要求
标本类型 | 温度 | 时间 | 特种集装箱 |
---|---|---|---|
不同 | 变化(首选) |
跟进异常生化结果,通常很长链脂肪酸与过氧化物酶病障碍测试一致
建立相关的酶分子诊断患者的疾病
识别在基因变异与过氧化物酶病有关,允许预测高危家庭成员的测试
这个测试利用下一代测序检测单核苷酸和拷贝数变异在28日与过氧化物酶病相关的基因疾病:ABCD1、ABCD3 ACOX1 ACOX3, agp, AMACR,猫,DNM1L, GNPAT, HSD17B4, PEX1, PEX10, PEX11B, PEX12, PEX13, PEX14, PEX16, PEX19, PEX2, PEX26, PEX3, PEX5, PEX6, PEX7, PHYH, SCP2, SUGCT TRIM37。看到目标基因和酶方法细节障碍基因面板特别说明和方法描述额外的细节。
鉴定致病变种可能协助诊断、预后、临床管理、家族性筛选和遗传咨询过氧化物酶病障碍。
额外的第一层测试可能被视为/推荐。更多信息见点指导。
细胞过氧化物酶体负责分解动作,包括氧化的长链脂肪酸,和合成代谢行为,包括生物合成的胆汁酸和缩醛磷脂。过氧化物酶病障碍可以分为两个主要的组基于中断的功能:过氧化物酶病生物起源疾病和单酶酶缺陷。
过氧化物酶病生物起源疾病是由缺陷引起的装配的细胞器造成一些功能的过氧化物酶体不足。疾病严重程度取决于数量的剩余功能的过氧化物酶体。过氧化物酶病生物起源齐薇格谱系障碍包括:齐薇格综合症,新生儿罹,小儿Refsum疾病。临床特征通常是进步,包括发育迟缓、肝病、失明、耳聋。严重性是可变齐薇格综合征是最严重和小儿Refsum疾病最严重的。
这些都是由于变异的PEX基因负责编码蛋白质过氧物酶体组装。
酶酶酶缺乏引起的中断函数,尽管细胞器保持不变。x连锁罹,最常见的过氧化物酶病障碍是由于变异的一种酶缺乏症ABCD1基因。其他酶缺陷包括rhizomelic软骨发育异常类型2和3,和先天性胆汁酸合成缺陷。
这个小组包括30个基因的测序相关酶的酶生物转化障碍和缺陷。
一个将提供解释报告。
所有检测到的变化评估根据美国大学医学遗传学和基因组学(ACMG)建议。(1)变体进行分类的基础上,预测,或可能的致病性和报告详细注释解释他们的潜在的或已知的意义。
临床相关性:
测试结果应解释在临床中发现,家族史和其他实验室数据。误解的结果可能发生如果提供的信息不准确或不完整的。
如果测试执行,因为临床上重要的家族史,这第一个测试通常是很有用的一个家庭成员的影响。检测至少一个可报告的变体在受影响的家庭成员将允许更多的信息检测的高危个体。
讨论额外的可用性测试选项或协助解释这些结果,联系梅奥诊所实验室遗传顾问800-533-1710。
技术的局限性:
下一代测序可能无法检测所有类型的基因变异。在极少数情况下,可能出现假阴性或假阳性结果。的深度报道可能变量对于一些目标区域;分析性能低于最低可接受的标准或失败的地区将会指出。考虑到这些限制,负面结果不排除遗传性疾病的诊断。如果一个特定的临床障碍被怀疑,可以被认为是评价的替代方法。
可能存在不能有效地评价区域的基因测序或删除和重复分析由于技术的局限性分析,包括区域的同源性、高guanine-cytosine (GC)内容,和重复序列。确认选择可报告的变异将由替代方法基于内部实验室标准。
这个测试是验证检测95%的删除75个碱基对47英国石油(bp)和插入。插入/删除(indels) 40岁以上的英国石油公司,包括移动元素插入,可能不如小indels可靠地检测到。
删除/复制分析:
这种分析目标单一和multi-exon删除/复制;然而,在某些情况下单一外显子决议不能实现减少由于孤立序列覆盖或固有的基因组的复杂性。平衡结构重组(如易位和反演)可能不能被检测到。
这个测试不是为了检测低水平的镶嵌性或区分体细胞和生殖系变异。是否有可能检测到变异体细胞,额外的测试可能需要澄清的结果的意义。
基因可能是添加或删除基于更新的临床意义。指的是目标基因和酶方法细节障碍基因面板特殊说明最新的基因列表包含在这个测试。关于基因的特定性能的详细信息和技术的局限性,看到方法描述或实验室基因顾问联系。
如果病人有同种异体造血干细胞移植或最近的异种输血,结果可能是不准确的,由于供体DNA的存在。叫梅奥诊所yabo208实验室说明测试的病人接受了骨髓移植手术。
变异的重新分类:
此时,它不是标准实践的实验室系统地回顾之前定期分类变量。实验室鼓励卫生保健提供者随时联系实验室学习特定的变体的分类可能已经改变了。
变体的评估:
执行评估和分类变量使用发表美国大学医学遗传学和基因组学和分子病理学协会建议作为指导原则。其他gene-specific指南也可以考虑。基于已知变异进行分类,预测,或可能的致病性和报告详细注释解释他们的潜在的或已知的意义。变异分为良性或可能良性不报道。
多在网上评估工具可以用来帮助解释这些结果。预测的准确性由在硅片评估工具是高度依赖于数据对于一个给定的基因,并定期更新这些工具可能导致预测随时间变化的。结果在网上评估工具进行解释时应特别谨慎和专业临床判断。
1。理查兹,阿齐兹N,贝尔,et al:标准和指导方针的序列变异的解释:一个联合一致推荐的美国大学医学遗传学和基因组学和分子病理学协会。地中海麝猫。2015年5月,17 (5):405 - 424
2。Waterham, HR, Ebberink女士:人类的过氧物酶体生物转化障碍的遗传和分子基础。Biochim Biophys学报。2012;1822 (9):1430 - 1441
3所示。游荡RJ:代谢相关的酶和分子基础障碍:一个回顾。麝猫a . 2004; 126(4): 355 - 375吗
4所示。游荡RJ, Waterham人力资源:过氧化物酶病障碍:单一的酶酶缺陷。Biochim Biophys学报。2006;1763 (12):1707 - 1720
5。Fidaleo M:过氧化物酶体和过氧化物酶病障碍:主要的事实。Exp Toxicol分册,2010,62 (6):615 - 625
下一代测序(上天)和/或执行Sanger测序检测中存在变异基因的编码区和内含子/外显子边界分析,以及一些其他地区已知致病变种。人类基因组参考GRCh37 / hg19构建用于序列读一致性。至少99%的基地覆盖在阅读的深度超过30 x。灵敏度是单核苷酸变异估计在99%以上,94%以上插入/删除(indels)不到40碱基对(bp), 95%以上为删除75基点和插入到47个基点。门店和/或聚合酶链反应(PCR)的定量方法来测试执行删除和复制的基因分析。看到目标基因和酶方法细节障碍基因面板在特别说明细节对目标基因进行了分析。
可能存在不能有效地评价区域的基因测序或删除和重复分析由于技术的局限性分析,包括区域的同源性、高guanine-cytosine (GC)内容,和重复序列。看到目标基因和酶方法细节障碍基因面板特别指示的细节对于特定的基因区域不经常覆盖。(未发表的梅奥法)
基因分析:ABCD1、ABCD3 ACOX1 ACOX3, agp, AMACR,猫,DNM1L, GNPAT, HSD17B4, PEX1, PEX10, PEX11B, PEX12, PEX13, PEX14, PEX16, PEX19, PEX2, PEX26, PEX3, PEX5, PEX6, PEX7, PHYH, SCP2, SUGCT TRIM37
不同
这个测试开发,其性能特征由梅奥诊所的方式与CLIA要求一致。这个测试没有被清除或得到美国食品和药物管理局的批准。
81443年
88233 -组织培养、皮肤、固体组织活检(如果合适的话)
88240 -低温贮藏(如果合适的话)
测试Id | 测试顺序的名字 | 订单LOINC价值 |
---|---|---|
PDGP | 过氧化物酶病疾病基因面板 | 过程中 |
结果Id | 测试结果的名字 | 结果LOINC值
仅适用于测量结果表示在单位最初报告的执行实验室。并不适用于这些值转换为其他单位的测量结果。
|
---|---|---|
608560年 | 测试描述 | 62364 - 5 |
608561年 | 标本 | 31208 - 2 |
608562年 | 源 | 31208 - 2 |
608563年 | 结果总结 | 50397 - 9 |
608564年 | 结果 | 82939 - 0 |
608565年 | 解释 | 69047 - 9 |
608566年 | 资源 | 99622 - 3 |
608567年 | 额外的信息 | 48767 - 8 |
608568年 | 方法 | 85069 - 3 |
608569年 | 基因分析 | 48018 - 6 |
608570年 | 免责声明 | 62364 - 5 |
608571年 | 发布的 | 18771 - 6 |