跟进异常生化结果暗示2-hydroxyglutaric酸尿
建立一个分子诊断患者2-hydroxyglutaric酸尿
识别在已知的基因变异与2-hydroxyglutaric酸尿,允许预测高危家庭成员的测试
这个测试利用下一代测序检测单核苷酸和4基因拷贝数变异与2-hydroxyglutaric酸尿:D2HGDH,IDH2,L2HGDH,SLC25A1。查看更多细节描述方法。
鉴定致病变种可能协助诊断、预后、临床管理、家族性筛选和遗传咨询2-hydroxyglutaric酸尿。
额外的第一层测试可能被视为/推荐。更多信息见咨询信息。
测试Id | 报告名称 | 可单独购买 | 总是表现 |
---|---|---|---|
FIBR | 成纤维细胞培养 | 是的 | 没有 |
CRYOB | 生物化学研究同行 | 没有 | 没有 |
自定义序列捕获和有针对性的下一代测序随后聚合酶链反应(PCR)和Sanger测序
次世代测序检测
2-Hydroxyglutaric酸尿
L-2-Hydroxyglutaric酸尿
结合d2和l2 hydroxyglutaric酸尿
不同
推荐的一线测试2-hydroxyglutaric酸尿尿有机酸;订单非统/有机酸屏幕,尿液。
首选标本收集的96小时内到达。
病人准备:先前的骨髓移植同种异体的捐赠会干扰测试。电话800-533-1710说明测试的病人接受了骨髓移植手术。
样品类型:全血
容器/管:
首选:薰衣草(EDTA)或黄色大(ACD)
可以接受的:任何抗凝剂
样品数量:3毫升
收集产品说明:
1。反几次混合血。
2。在原始管发送样品。
样品稳定性信息:环境(首选)/冷藏
1。纽约Clients-Informed同意是必需的。请求的文档形式或电子订单,一份文件。下列文件中可用的特别指示:
- - - - - -基因检测的知情同意(T576)
- - - - - -知情同意的基因检测(西班牙语)(T826)
2。分子遗传学:生化紊乱患者信息(T527)在特殊指令
看到标本要求
标本类型 | 温度 | 时间 | 特种集装箱 |
---|---|---|---|
不同 | 变化(首选) |
跟进异常生化结果暗示2-hydroxyglutaric酸尿
建立一个分子诊断患者2-hydroxyglutaric酸尿
识别在已知的基因变异与2-hydroxyglutaric酸尿,允许预测高危家庭成员的测试
这个测试利用下一代测序检测单核苷酸和4基因拷贝数变异与2-hydroxyglutaric酸尿:D2HGDH,IDH2,L2HGDH,SLC25A1。查看更多细节描述方法。
鉴定致病变种可能协助诊断、预后、临床管理、家族性筛选和遗传咨询2-hydroxyglutaric酸尿。
额外的第一层测试可能被视为/推荐。更多信息见咨询信息。
的2-hydroxyglutaric酸尿障碍是一组脑有机酸尿生化与海拔2-hydroxyglutaric酸(2-HG)尿液。有两种对映体或形式的2-hydroxyglutaric酸、d和l形。根据遗传缺陷,个人可能海拔2-HG或两种形式之一。常规有机酸分析(非统/有机酸屏幕、尿液),虽然能够检测2-HG,无法区分这两个对映体;然而,他们可以与更专业的生化分离测试。
L-2-hydroxyglutaric酸尿(L-2-HGA)是由缺陷引起的L2HGDH特点是进步的小脑性共济失调和智力障碍,癫痫发作,巨头开始在婴儿期或早期的童年。症状恶化随着时间的推移导致严重残疾成年早期。磁共振成像(MRI)的发现包括皮层下脑白质病、广义小脑和大脑萎缩,萎缩的胼胝体。
D-2-hydroxylglutaric酸尿(D-2-HGA)的特点是高浓度的D-2-hydroxyglutaric酸,通常体现发育迟缓,癫痫,和张力减退,虽然可以从无症状到严重差别很大。有2种D-2-HGA取决于遗传原因。D-2-HGA可以是常染色体隐性遗传,变异所造成的D2HGDH导致酶活性降低功能(I型)或常染色体显性遗传的变异IDH2导致生产过剩的D-2-HG (II型)。
D, L-2-hydroxylglutaric酸尿是最严重的3和由缺陷引起的SLC25A1柠檬酸,编码线粒体载体。它的特点是neonatal-onset脑病有严重的肌肉无力,棘手的癫痫发作,呼吸窘迫,缺乏精神运动的发展导致过早死亡。
因为遗传异质性的2-hydroxyglutaric酸尿和专业生化测试需要区分的条件,这种基因面板,包含了D2HGDH,L2HGDH,IDH2,SLC25A1诊断这些条件,是一种有效的方法。
一个将提供解释报告。
所有检测到的变化评估根据美国大学医学遗传学和基因组学(ACMG)建议。(1)变体进行分类的基础上,预测,或可能的致病性和报告详细注释解释他们的潜在的或已知的意义。
临床相关性:
测试结果应该在上下文中解释临床发现,家族史和其他实验室数据。误解的结果可能发生如果提供的信息不准确或不完整的。
如果测试执行,因为临床上重要的家族史,这第一个测试通常是很有用的一个家庭成员的影响。检测可报告的变体的影响家庭成员将允许更多的测试风险的个人。
讨论额外的测试选项的可用性,协助一般测试选择,或协助解释这些结果,梅奥诊所实验室遗传辅导员可以联系800-533-1710。
技术的局限性:
下一代测序可能无法检测所有类型的基因变异。在极少数情况下,可能出现假阴性或假阳性结果。的深度报道可能对一些目标区域变量,但试验性能低于最低可接受的标准或失败的地区将会指出。考虑到这些限制,负面结果不排除遗传性疾病的诊断。如果特定的临床疾病被怀疑,评估替代方法可以考虑。
如果病人有同种异体造血干细胞移植或最近的异种输血,这些结果可能是不准确的由于供体DNA的存在。叫梅奥诊所yabo208实验室说明测试的病人接受了骨髓移植手术。
可能存在区域的基因测序或删除不能有效放大,重复分析由于技术的局限性分析,包括区域的同源性、高guanine-cytosine (GC)内容,和重复序列。确认选择可报告的变异将由替代方法基于内部实验室标准。
这个试验不可靠地检测插入/删除(indels) 40以上的碱基对(bp),包括Alu插入,长点缀的核元素(行)和短点缀的核元素(正弦)。生物信息学软件验证管道检测95%的删除75基点和插入到47个基点。
此外,低水平花叶变异可能不能被检测到。
这个测试不是为了区分体细胞和生殖系变体。是否有可能检测到变异体细胞,额外的测试可能需要澄清的结果的意义。
重新分类的变异策略:
此时,它不是标准实践的实验室系统地回顾之前定期分类变量。实验室鼓励卫生保健提供者联系实验室随时了解一个特定的变体的状态随着时间的推移可能会改变。
变体的评估:
执行评估和分类变量使用发表美国大学医学遗传学和基因组学(ACMG)和分子病理学协会(AMP)作为指导原则建议。(1)还可以考虑其他基因的具体指导方针。基于已知变异进行分类,预测,或可能的致病性和报告详细注释解释他们的潜在的或已知的意义。变异分为良性或可能良性不报道。
多在网上评估工具可以用来帮助解释这些结果。预测的准确性由在硅片评估工具是高度依赖于数据对于一个给定的基因,并定期更新这些工具可能导致预测随时间变化的。结果在网上评估工具进行解释时应特别谨慎和专业临床判断。Intronic和同义的序列变异不预测影响拼接或导致疾病都没有报告。
1。理查兹,阿齐兹N,贝尔,et al:标准和指导方针的序列变异的解释:一个联合一致推荐的美国大学医学遗传学和基因组学和分子病理学协会。地中海麝猫。2015年5月,17 (5):405 - 424
2。背板B, Struys EA,流行,et al:缺乏SLC25A1,编码线粒体柠檬酸载体,使结合d2, L-2-hydroxyglutaric酸尿。J哼麝猫。2013;92:627 - 631。doi: 10.1016 / j.ajhg.2013.03.009
3所示。Kranendijk M, Struys EA,范Schaftingen E, et al: IDH2基因突变患者D-2-hydroxyglutaric酸尿。科学。2010年10月15日,330 (6002):336。doi: 10.1126 / science.1192632
4所示。Kranendijk M, Struys EA,所罗门GS, Van der Knaap女士,手跟前C:进步在理解2-hydroxyglutaric酸尿。35 J继承金属底座说。2012;(4):571 - 587。doi: 10.1007 / s10545 - 012 - 9462 - 5
5。流行,Struys EA, Jansen EEW et al: D-2-hydroxyglutaric酸尿我类型:功能分析的D2HGDH错义变体。哼Mutat。2019;40 (7):975 - 982。doi: 10.1002 / humu.23751
下一代测序(上天)和/或执行Sanger测序检测中存在变异基因的编码区和内含子/外显子边界进行了分析。门店和/或聚合酶链反应(PCR)的定量方法来测试执行删除和复制的基因分析。
可能存在区域的基因测序或删除不能有效放大,重复分析由于技术的局限性分析,包括区域的同源性、高guanine-cytosine (GC)内容,和重复序列。确认选择可报告的变异可能是由交替方法基于内部实验室标准。
pcr方法和/或Sanger测序是用来证实变异检测到门店在适当的时候。(未发表的梅奥法)
基因分析:D2HGDH、IDH2 L2HGDH SLC25A1
不同
这个测试开发,其性能特征由梅奥诊所的方式与CLIA要求一致。这个测试没有被清除或得到美国食品和药物管理局的批准。
81479年
测试Id | 测试顺序的名字 | 订单LOINC价值 |
---|---|---|
2 ohgp | 2哦戊二酸尿基因面板 | 过程中 |
结果Id | 测试结果的名字 | 结果LOINC值
结果LOINC值提示
|
---|---|---|
608764年 | 测试描述 | 62364 - 5 |
608765年 | 标本 | 31208 - 2 |
608766年 | 源 | 31208 - 2 |
608767年 | 结果总结 | 50397 - 9 |
608768年 | 结果 | 82939 - 0 |
608769年 | 解释 | 69047 - 9 |
608770年 | 资源 | 99622 - 3 |
608771年 | 额外的信息 | 48767 - 8 |
608772年 | 方法 | 85069 - 3 |
608773年 | 基因分析 | 48018 - 6 |
608774年 | 免责声明 | 62364 - 5 |
608775年 | 发布的 | 18771 - 6 |