这个测试利用下一代测序检测单核苷酸和在一个基因拷贝数变异与PTEN错构瘤肿瘤综合症(PHTS):PTEN(包括启动子)。查看更多细节描述方法。
鉴定致病变种可能协助诊断、预后、临床管理、家族性筛选和遗传咨询PTEN错构瘤肿瘤综合症(PHTS)。
序列捕获和有针对性的下一代测序(上天)其次是聚合酶链反应(PCR)和桑格测序。
次世代测序检测
Bannayan-Riley-Ruvalcaba综合症
Cowden综合症
Lhermitte-Duclos疾病
PHTS
普罗透斯综合症
Proteus-like综合症
PTEN错构瘤肿瘤综合征(PHTS)
pten
自闭症和巨头
错构瘤
乳腺癌
子宫内膜癌
甲状腺癌
结肠癌
发育异常的gangliocytoma
Trichilemommas
Papulomatous丘疹
不同
全面的遗传性癌症面板,包括PTEN基因,考虑订购1以下测试:
-BRGYP /遗传性乳腺癌/妇科癌症委员会,各不相同
-ENDCP /遗传性内分泌癌症委员会,各不相同
-HPGLP /遗传嗜铬细胞瘤/副神经节瘤面板中,各不相同
-RENCP /遗传肾癌面板中,各不相同
定制的面板或单基因分析对任何基因出现在这个面板是可用的。更多信息见CGPH/自定义面板中,基因遗传下一代测序,各不相同。
家族性变异的目标测试(也称为特定站点或已知突变测试)对这个基因可用。看到FMTT /家族突变的更多信息,有针对性的测试,各不相同。
首选标本收集的96小时内到达。
病人准备:先前的骨髓移植同种异体的捐赠会干扰测试。电话800-533-1710说明测试的病人接受了骨髓移植手术。
样品类型:全血
容器/管:
首选:薰衣草(EDTA)或黄色大(ACD)
可以接受的:任何抗凝剂
样品数量:3毫升
收集产品说明:
1。反几次混合血。
2。在原始管发送样品。不整除。
样品稳定性信息:环境(首选)4天/冷藏
1。纽约Clients-Informed同意是必需的。请求的文档形式或电子订单,一份文件。下列文件中可用的特别指示:
- - - - - -基因检测的知情同意(T576)
- - - - - -为遗传Testing-Spanish知情同意(T826)
2。分子遗传学:遗传性癌症综合征患者信息(T519)在特殊指令
3所示。如果不是电子订购,完成,打印和发送肿瘤学试验要求(T729)标本。
看到标本要求
标本类型 | 温度 | 时间 | 特种集装箱 |
---|---|---|---|
不同 | 变化(首选) |
这个测试利用下一代测序检测单核苷酸和在一个基因拷贝数变异与PTEN错构瘤肿瘤综合症(PHTS):PTEN(包括启动子)。查看更多细节描述方法。
鉴定致病变种可能协助诊断、预后、临床管理、家族性筛选和遗传咨询PTEN错构瘤肿瘤综合症(PHTS)。
PHTS是遗传的常染色体显性遗传方式。(1)10%至48%的患者之间PHTS新创PTEN变体。(3)影响个体有增加患癌症的风险,包括癌症乳腺癌、子宫内膜、甲状腺、肾脏、和结肠癌。(1)个人PHTS也可能会出现巨头、血管病变,trichilemmomas,黏膜与皮肤的papillomatous丘疹,lipomatosis, hemangiomatosis,龟头上的色素斑点。(1)小脑的发育异常的gangliocytoma,也称为Lhermitte-Duclos疾病,是另一个与PHTS hamartomatous肿瘤相关。(1)智力残疾,发育迟缓,自闭症患者中常见PHTS。(1)
因为据报道,PTEN变异占到10%到20%的自闭症患者巨头,美国大学医学遗传学和基因组学的推荐PTEN在个人基因测试与功能。(4)患者的长期临床结果PTEN -有关自闭症与巨头目前不是。(1、2),个人PTEN -有关自闭症与巨头应该遵循相同的癌症筛查提供PHTS建议。(1、2)
一个将提供解释报告。
所有检测到变异评估根据美国大学医学遗传学和基因组学(ACMG)建议。(6)基于已知变异进行分类,预测,或可能的致病性和报告详细注释解释他们的潜在的或已知的意义。
临床相关性:
测试结果应解释在临床中发现,家族史和其他实验室数据。误解的结果可能发生如果提供的信息不准确或不完整的。
如果测试执行,因为临床上重要的家族史,这第一个测试通常是很有用的一个家庭成员的影响。检测可报告的变体的影响家庭成员将允许更多的信息检测的高危个体。
进一步讨论的可用性测试选项或协助解释这些结果,梅奥诊所实验室遗传辅导员可以联系800-533-1710。
技术的局限性:
下一代测序可能无法检测所有类型的基因变异。在极少数情况下,可能出现假阴性或假阳性结果。的深度报道可能变量对于一些目标区域;分析性能低于最低可接受的标准或失败的地区将会指出。考虑到这些限制,负面结果不排除遗传性疾病的诊断。如果一个特定的临床障碍被怀疑,可以被认为是评价的替代方法。
可能存在不能有效地评价区域的基因测序或删除和重复分析由于技术的局限性分析,包括区域的同源性、高guanine-cytosine (GC)内容,和重复序列。确认选择可报告的变异将由替代方法基于内部实验室标准。
这个测试是验证检测95%的删除75个碱基对47英国石油(bp)和插入。插入/删除(indels) 40岁以上的英国石油公司,包括移动元素插入,可能不如小indels可靠地检测到。
删除/复制分析:
这种分析目标单一和multi-exon删除/复制;然而,在某些情况下单一外显子决议不能实现减少由于孤立序列覆盖或固有的基因组的复杂性。平衡结构重组(如易位和反演)可能不能被检测到。
这个测试不是为了检测低水平的镶嵌性或区分体细胞和生殖系变异。是否有可能检测到变异体细胞,额外的测试可能需要澄清的结果的意义。
关于基因的特定性能的详细信息和技术的局限性,看到方法描述或实验室基因顾问联系800-533-1710。
如果病人有同种异体造血干细胞移植或最近的异种输血,结果可能是不准确的,由于供体DNA的存在。叫梅奥诊所yabo208实验室说明测试的病人接受了骨髓移植手术。
变异的重新分类:
此时,它不是标准实践的实验室系统地回顾之前定期分类变量。实验室鼓励卫生保健提供者随时联系实验室学习特定的变体的分类可能已经改变了。
变体的评估:
执行评估和分类变量使用发表美国大学医学遗传学和基因组学和分子病理学协会建议作为指导原则。其他gene-specific指南也可以考虑。基于已知变异进行分类,预测,或可能的致病性和报告详细注释解释他们的潜在的或已知的意义。变异分为良性或可能良性不报道。
多在网上评估工具可以用来帮助解释这些结果。预测的准确性由在硅片评估工具是高度依赖于数据对于一个给定的基因,并定期更新这些工具可能导致预测随时间变化的。结果在网上评估工具进行解释时应特别谨慎和专业临床判断。
1。项目的L, Eng C: PTEN错构瘤肿瘤综合症。:亚当MP, Ardinger HH,冰内生物RA, et al, eds。GeneReviews[网络]。华盛顿大学西雅图分校的;2001年。2021年2月11日更新。2021年7月7日通过。可以在www.ncbi.nlm.nih.gov /书/ NBK1488 /
2。项目的L,龙骨E, Eng C:的临床表现PTEN突变。为地中海。2020年1月27日,71:103 - 116
3所示。老爷J, Eng C:新创突变频率的估计在渊源者PTEN错构瘤肿瘤综合症。地中海麝猫。2012年9月14日(9):819 - 22所示
4所示。Schaefer BG Mendelsohn新泽西,et al:临床遗传学评价识别自闭症谱系障碍的病因:2013年准则修订。麝猫地中海。2013;15 (5):399 - 407
5。戴利MB, Pal T,贝瑞MP, et al:基因/家庭高风险评估:乳腺癌、卵巢癌、胰腺癌,2.2021版本,会发现在肿瘤临床实践指南。中华杰出Canc Netw。2021年1月6日,19 (1):77 - 102
6。理查兹,阿齐兹N,贝尔,et al:标准和指导方针的序列变异的解释:一个联合一致推荐的美国大学医学遗传学和基因组学和分子病理学协会。地中海麝猫。2015年5月,17 (5):405 - 424
下一代测序(上天)和/或执行Sanger测序检测中存在变异和内含子/外显子编码区域的边界PTEN基因分析,以及一些其他地区已知的致病变种。人类基因组参考GRCh37 / hg19构建用于序列读一致性。至少99%的基地覆盖在阅读的深度超过30 x。灵敏度是单核苷酸变异估计在99%以上,94%以上插入/删除(indels)不到40碱基对(bp), 95%以上为删除75基点和插入到47个基点。门店和/或聚合酶链反应(PCR)的定量方法来测试执行删除和复制的基因分析。
可能存在的区域不能有效地评估基因测序或删除和重复分析由于技术的局限性分析,包括区域的同源性、高guanine-cytosine (GC)的内容,和重复序列。
的参考记录PTEN基因NM_000314.8。参考记录数字可能被更新由于成绩单版本控制。总是把最后一个病人报告基因转录时引用的测试信息。
确认选择可报告的变异可能是由交替方法基于内部实验室标准。(未发表的梅奥法)
不同
这个测试开发,其性能特征由梅奥诊所的方式与CLIA要求一致。这个测试没有被清除或得到美国食品和药物管理局的批准。
81321年
测试Id | 测试顺序的名字 | 订单LOINC价值 |
---|---|---|
PTNZ | 满PTEN基因分析 | 94223 - 5 |
结果Id | 测试结果的名字 | 结果LOINC值
仅适用于测量结果表示在单位最初报告的执行实验室。并不适用于这些值转换为其他单位的测量结果。
|
---|---|---|
614815年 | 测试描述 | 62364 - 5 |
614816年 | 标本 | 31208 - 2 |
614817年 | 源 | 31208 - 2 |
614818年 | 结果总结 | 50397 - 9 |
614819年 | 结果 | 82939 - 0 |
614820年 | 解释 | 69047 - 9 |
614821年 | 资源 | 99622 - 3 |
614822年 | 额外的信息 | 48767 - 8 |
614823年 | 方法 | 85069 - 3 |
614824年 | 基因分析 | 48018 - 6 |
614825年 | 免责声明 | 62364 - 5 |
614826年 | 发布的 | 18771 - 6 |