这个测试利用新一代测序检测单核苷酸和拷贝数变异TSC1和TSC2基因与结节性硬化症复杂有关。
鉴定致病变种可能协助诊断、预后、临床管理、家族性检查,复发风险评估,并为结节性硬化症复杂遗传咨询。
测试Id | 报告名称 | 可单独购买 | 总是表现 |
---|---|---|---|
FIBR | 成纤维细胞培养 | 是的 | 没有 |
CRYOB | 生物化学研究同行 | 没有 | 没有 |
MATCC | 母细胞污染,B | 是的 | 没有 |
CULAF | 羊水文化/基因测试 | 是的 | 没有 |
CULFB | 纤维母细胞文化基因测试 | 是的 | 没有 |
只对皮肤活检标本:
如果收到皮肤活检,纤维母细胞生化研究文化和低温贮藏将增加额外的费用。
仅供产前标本:
如果一个羊水标本或收到nonconfluent文化,羊水文化/基因测试将被添加一个额外的费用。
任何收到的产前样品,孕产妇细胞污染测试将执行一个额外的费用。
序列捕获和有针对性的下一代测序随后聚合酶链反应(PCR)和Sanger测序。
次世代测序检测
TSC
结节性硬化症复杂
心脏横纹肌瘤
Lymphangiomyomatosis
只对皮肤活检标本:
如果收到皮肤活检,纤维母细胞生化研究文化和低温贮藏将增加额外的费用。
仅供产前标本:
如果一个羊水标本或收到nonconfluent文化,羊水文化/基因测试将被添加一个额外的费用。
任何收到的产前样品,孕产妇细胞污染测试将执行一个额外的费用。
不同
目标测试(也称为特定站点或已知的变异测试)可发现这种基因变体。看到FMTT /家族突变,有针对性的测试,各不相同。
定制的面板和单基因分析对任何基因出现在这个面板是可用的。看到CGPH /自定义面板中,基因遗传,下一代测序,各不相同。
所有产前标本必须伴随着母亲的血液标本;秩序MATCC /母体细胞污染,分子分析,不同的孕产妇标本必须比产前样品不同的订单号。
首选标本收集的96小时内到达。
病人准备:先前的骨髓移植同种异体的捐赠会干扰测试。电话800-533-1710说明测试的病人接受了骨髓移植手术。
提交以下标本:只有1
样品类型:全血
容器/管:薰衣草(EDTA)或黄色大(ACD)
可以接受的:任何抗凝剂
样品数量:3毫升
收集产品说明:
1。反几次混合血。
2。在原始管发送全血标本。不整除。
样品稳定性信息:环境(首选)/冷藏
标本类型:皮肤活组织检查
供应:成纤维细胞活检传输媒体(T115)
容器/管与任何标准细胞培养基:无菌容器(例如,最小的重要媒体,RPMI 1640)。解决方案应该补充青霉素和链霉素为1%。
试样体积:4毫米
样品稳定性信息:冷藏(首选)/环境
附加信息:一个单独的文化电荷将评估在FIBR /纤维母细胞生化和分子检测,组织。需要一个额外的4周文化成纤维细胞在基因检测可以发生。
标本类型:培养的成纤维细胞
容器/管:T-25瓶
标本体积:2烧瓶
集合指令:提交汇合的培养成纤维细胞从一个来自另一个实验室的皮肤活检。
样品稳定性信息:环境(首选)/冷藏(< 24小时)
附加信息:一个文化电荷分离将评估在FIBR /纤维母细胞文化生化和分子检测、组织。需要一个额外的4周文化成纤维细胞在基因检测可以发生。
标本类型:血液现货
供应:Card-Blood点集合(过滤纸)(T493)
容器/管:
首选:采集卡(绘画纸蛋白质节省903纸)
可接受的:PerkinElmer 226(原seppo 226)滤纸,或血液点收集卡片(T493)
试样体积:5点血
托收指示:
1。另一个选择才是对病人采血1岁以上是一个手指针刺。1岁以下的婴儿,应该使用一个跟贴。看到干血现货教程集合如何收集血液通过手指针刺点。
2。让干血滤纸在水平位置的环境温度至少3小时。
3所示。不暴露标本高温或阳光直射。
4所示。不叠湿标本。
5。保持标本干燥。
样品稳定性信息:环境(首选)/冷藏
附加信息:
1。托收指示,请参阅血的地方收集指令
2。托收指示在西班牙,看到的血现货Card-Spanish指令集合(T777)
3所示。托收指示,明白了血现货Card-Chinese指令集合(T800)
4所示。由于低浓度的DNA产生了从血液,可能可能需要额外的标本来完成测试。
样品类型:唾液
病人准备:病人不能吃、喝、吸烟或嚼口香糖30分钟前集合。
供应:唾液拭子采集设备(T786)
样品数量:1拭子
收集产品说明:收集和发送样品每箱指令。
附加信息:由于低浓度的DNA产生唾液,这是可能的,可能需要额外的标本来完成测试。
样品稳定性信息:周围30天
由于产前测试的复杂性,需要与实验室协商所有产前测试。产前样品可以发送星期一到星期四必须收到星期五下午5点CT吗为了妥善处理。所有产前标本必须伴随着母亲的血液标本。订单MATCC /母体细胞污染,分子分析,不同产妇标本。
样品类型:羊水
容器/管:羊水容器
样品数量:20毫升
样品稳定性信息:冷藏(首选)/环境
附加信息:一个单独的文化电荷将评估在CULAF /文化基因检测,羊水。
标本类型:绒膜绒毛
容器/管:15毫升管包含15毫升的传输媒体
样品数量:20毫克
样品稳定性信息:冷藏
附加信息:一个单独的文化电荷将评估在CULFB /纤维母细胞分子测试,绒毛膜/产品的概念。
可以接受的:
样品类型:融合性的培养细胞
容器/管:T-25瓶
样品数量:2烧瓶
收集产品说明:从另一个实验室提交汇合的培养细胞。
样品稳定性信息:环境(首选)/冷藏
1。纽约Clients-Informed同意是必需的。请求的文档形式或电子订单,一份文件。下列文件是可用的:
- - - - - -基因检测的知情同意(T576)
- - - - - -知情同意的基因检测(西班牙语)(T826)
标本类型 | 温度 | 时间 | 特种集装箱 |
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不同 | 变化(首选) |
这个测试利用新一代测序检测单核苷酸和拷贝数变异TSC1和TSC2基因与结节性硬化症复杂有关。
鉴定致病变种可能协助诊断、预后、临床管理、家族性检查,复发风险评估,并为结节性硬化症复杂遗传咨询。
只对皮肤活检标本:
如果收到皮肤活检,纤维母细胞生化研究文化和低温贮藏将增加额外的费用。
仅供产前标本:
如果一个羊水标本或收到nonconfluent文化,羊水文化/基因测试将被添加一个额外的费用。
任何收到的产前样品,孕产妇细胞污染测试将执行一个额外的费用。
结节性硬化症(TSC)是一种常染色体显性遗传神经皮肤疾病与致病性变异有关TSC1和TSC2基因。TSC涉及多个器官系统包括皮肤(血管纤维瘤,低黑色素斑点、粗糙补丁),大脑(皮层块茎,室结节和巨细胞星形细胞瘤,癫痫包括婴儿痉挛症),肾脏血管肌脂肪瘤,心脏横纹肌瘤,眼睛视网膜(多个结节性错构瘤)和肺(lymphangioleiomyomatosis)。TSC也可能与孤独症相关,认知障碍和精神困境。中枢神经系统肿瘤发病率和死亡率的主要原因。
大约三分之一的TSC患者有一个影响家长,和三分之二的结果发生新创致病变种。外显率虽然完整,TSC与表型的重要国际米兰,家庭内部的变化。
一个将提供解释报告。
所有检测到变异评估根据美国大学医学遗传学和基因组学(ACMG)建议。(1)基于已知变异进行分类,预测,或可能的致病性和报告详细注释解释他们的潜在的或已知的意义。
临床相关性:
测试结果应解释在临床中发现,家族史和其他实验室数据。误解的结果可能发生如果提供的信息不准确或不完整的。
如果测试执行,因为临床上重要的家族史,这第一个测试通常是很有用的一个家庭成员的影响。检测可报告的变体的影响家庭成员将允许更多的信息检测的高危个体。
讨论额外的可用性测试选项或协助解释这些结果,梅奥诊所实验室遗传顾问800-533-1710联系。yabo208
技术上的限制:
下一代测序可能无法检测所有类型的基因变异。在极少数情况下,可能出现假阴性或假阳性结果。的深度报道可能变量对于一些目标区域;分析性能低于最低可接受的标准或失败的地区将会指出。考虑到这些限制,负面结果不排除遗传性疾病的诊断。如果一个特定的临床障碍被怀疑,可以被认为是评价的替代方法。
可能存在不能有效地评价区域的基因测序或删除和重复分析由于技术的局限性分析,包括区域的同源性、高guanine-cytosine (GC)内容,和重复序列。确认选择可报告的变异将由替代方法基于内部实验室标准。
这个测试是验证检测95%的删除75个碱基对47英国石油(bp)和插入。缺失插入(利林)40岁以上的英国石油公司,包括移动元素插入,可能不如小利林可靠地检测到。
删除/复制分析:
这种分析目标单一和multi-exon删除/复制;然而,在某些情况下单一外显子决议不能实现减少由于孤立序列覆盖或固有的基因组的复杂性。平衡结构重组(如易位和反演)可能不能被检测到。
这个测试不是为了检测低水平的镶嵌性或区分体细胞和生殖系变异。是否有可能检测到变异体细胞,额外的测试可能需要澄清的结果的意义。
基因可能是添加或删除基于更新的临床意义。关于基因的特定性能的详细信息和技术的局限性,看到方法描述或实验室基因顾问联系。
如果病人有同种异体造血干细胞移植或最近的异种输血,结果可能是不准确的,由于供体DNA的存在。叫梅奥诊所yabo208实验室说明测试的病人接受了骨髓移植手术。
变异的重新分类:
此时,它不是标准实践的实验室系统地回顾之前定期分类变量。实验室鼓励卫生保健提供者随时联系实验室学习特定的变体的分类可能已经改变了。
变体的评估:
执行评估和分类变量使用发表美国大学医学遗传学和基因组学和分子病理学协会作为指导原则建议。(1)其他gene-specific指南也可以考虑。基于已知变异进行分类,预测,或可能的致病性和报告详细注释解释他们的潜在的或已知的意义。变异分为良性或可能良性不报道。
多在网上评估工具可以用来帮助解释这些结果。预测的准确性由在硅片评估工具是高度依赖于数据对于一个给定的基因,并定期更新这些工具可能导致预测随时间变化的。结果在网上评估工具进行解释时应特别谨慎和专业临床判断。
很少,偶然的发现或二次发现可能影响另一个倾向或活动性疾病的存在。这些发现将仔细审查,以确定他们是否会报道。
1。理查兹,阿齐兹N,贝尔,et al:标准和指导方针的序列变异的解释:一个联合一致推荐的美国大学医学遗传学和基因组学和分子病理学协会。地中海麝猫。2015年5月,17 (5):405 - 424。doi: 10.1038 / gim.2015.30
2。贝蒂H, Aronow M, Bebin E, et al:更新国际结节性硬化症复杂的诊断标准和监测和管理建议。Pediatr神经。2021年10月,123:50 - 66。doi: 10.1016 / j.pediatrneurol.2021.07.011
下一代测序(上天)和/或执行Sanger测序检测中存在变异基因的编码区和内含子/外显子边界分析,以及一些其他地区已知致病变种。人类基因组参考GRCh37 / hg19构建用于序列读一致性。至少99%的基地覆盖在阅读的深度超过30 x。灵敏度是单核苷酸变异估计在99%以上,94%以上为删除/插入(利林)不到40碱基对(bp), 95%以上为删除75个基点,并插入47个基点。门店和/或聚合酶链反应(PCR)的定量方法来测试执行删除和复制的基因分析。
可能存在不能有效地评价区域的基因测序或删除和重复分析由于技术的局限性分析,包括区域的同源性、高guanine-cytosine (GC)内容,和重复序列。(未发表的梅奥法)
基因分析:TSC1, TSC2
不同
这个测试开发,其性能特征由梅奥诊所的方式与CLIA要求一致。这个测试没有被清除或得到美国食品和药物管理局的批准。
81406年
81407年
测试Id | 测试顺序的名字 | 订单LOINC价值 |
---|---|---|
TSCP | 结节性硬化症基因面板 | 34650 - 2 |
结果Id | 测试结果的名字 | 结果LOINC值
仅适用于测量结果表示在单位最初报告的执行实验室。并不适用于这些值转换为其他单位的测量结果。
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---|---|---|
616538年 | 测试描述 | 62364 - 5 |
616539年 | 标本 | 31208 - 2 |
616540年 | 源 | 31208 - 2 |
616541年 | 结果总结 | 50397 - 9 |
616542年 | 结果 | 82939 - 0 |
616543年 | 解释 | 69047 - 9 |
616544年 | 资源 | 过程中 |
616545年 | 额外的信息 | 48767 - 8 |
616546年 | 方法 | 85069 - 3 |
616547年 | 基因分析 | 48018 - 6 |
616548年 | 免责声明 | 62364 - 5 |
616549年 | 发布的 | 18771 - 6 |