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鉴定与病毒对HIV-1核苷酸逆转录酶抑制剂、非核苷酸逆转录酶抑制剂和蛋白酶抑制剂抗性相关的基因型变异
指导艾滋病毒感染者(包括儿童)开始或改变联合抗逆转录病毒疗法
看到HIV治疗监控算法在特殊指令
在接受高效抗逆转录病毒治疗(HAART)的hiv感染患者中,抗病毒药物耐药性可能危及高活性抗逆转录病毒治疗(HAART)。当联合治疗失败时,检测和分析艾滋病毒基因型变异可以指导抗逆转录病毒治疗的必要改变,降低艾滋病毒载量,从而改善患者结局。
HIV-1是一种感染细胞的RNA病毒,在病毒逆转录酶(RT)基因产物的作用下转化为互补DNA (cDNA)。RT几乎没有校对能力,因此在原病毒DNA中包含错误。当原病毒DNA被转录为RNA时,这些错误被转录为传染性病毒颗粒。类似地,蛋白酶酶催化多聚蛋白产生活性病毒复制所必需的多肽。虽然HAART(核苷类似物、非核苷剂和/或蛋白酶抑制剂的组合)可能在降低病毒载量方面有效,但由于抗病毒治疗的选择性压力,在药物靶向HIV基因位点产生的基因型变异导致抗病毒耐药性,可能危及这种治疗。
药物靶向hiv基因序列的扩增和分析可以识别核苷酸碱基和相关氨基酸密码子的变化,这些变化可能导致抗病毒药物耐药性。通过比较患者的HIV毒株和野生型HIV毒株的序列数据,这种基因型变化被视为变异。这些基因型变异与抗病毒药物耐药性相关的重要性由艾滋病毒耐药性领域的主要专家协商一致小组制定的一套解释性规则确定。在制定这些规则时,共识小组会考虑在公认的科学会议上提交的或在同行评审的期刊上发表的相关数据。必要时,专家组成员已知的可靠的未发表的耐药数据可在此过程中考虑。共识小组每年在审查新公布的关于HIV-1基因型耐药性变异的数据后更新解释规则。
不适用
根据斯坦福大学HIV数据库程序的解释算法,可检测到的对抗病毒药物产生耐药性的HIV-1基因型变异被报道为氨基酸密码子的变化(如M184V)。基因型变异密码子的分类和解释与以前进行的表型抗病毒药敏试验有关。每个变异都被赋予一个药物惩罚分数,与特定抗病毒药物相关的所有变异产生的总分数被用来估计对该药物的耐药性水平。这些解释规则可能会由斯坦福大学HIV数据库团队在回顾最新发表的HIV-1基因型耐药变异数据后定期更新。
易感(SUSC)表明患者的HIV-1毒株中存在的基因型变异与对特定药物的耐药性没有关联(Stanford HIVdb总分0到9)。
潜在低水平耐药(PLR)表明,检测到的基因型变异可能与对特定药物的敏感性降低有关(Stanford HIVdb评分10至14)。
低水平耐药(LR)表明,检测到的基因型变异与对特定药物的敏感性降低有关(Stanford HIVdb评分15至29)。
中间耐药(IR)表明,检测到的基因型变异与降低对特定药物的敏感性有关(Stanford HIVdb评分30至59)。
高水平耐药(HR)表明,检测到的基因型变异与对特定药物(Stanford HIVdb >或= 60)敏感性的最大降低有关。
无法进行基因分型说明获得的序列数据在确定患者的HIV毒株中是否存在基因型耐药变异方面质量较差。这种不良序列数据的可能原因包括测序引物区域多态性干扰引物结合和后续测序反应,或病毒载量低(即<500 copies/mL)。
不确定表明,由于PCR抑制剂的存在或检测产生的模糊或不完整的病毒靶序列,该检测无法可靠地确定抗病毒耐药性。
由于产生的结果很复杂,国际艾滋病协会-美国小组建议对基因分型和表型检测结果进行专家解释,以便对患者进行护理管理。患者对抗病毒治疗的反应取决于多个因素,包括患者耐药病毒种群的百分比、患者对处方药物治疗的依从性、患者获得充分护理的机会、药物的药代动力学和药物相互作用。在做出治疗决定时,耐药试验结果应仅与临床表现和其他实验室标记物结合来解释。
对药物缺乏耐药性并不排除感染患者体内存在耐药病毒宿主。
HIV-1基因型测试不是直接测量耐药性的方法。虽然基因型检测可以检测到相关HIV-1基因组中的变异,但这些变异的重要性需要仔细解释,以预测药物敏感性。当血浆HIV-1病毒载量低于500拷贝/mL时,这种检测方法扩增靶标和检测基因型变异的能力很差,而且不可靠。提交此测试的标本应包含大于或等于500拷贝/mL的HIV-1 RNA。
该分析方法已被优化用于HIV-1 M亚型B的基因型分析和解释,这是美国和欧洲感染患者的大多数HIV-1分离株。本试验检测的蛋白酶和逆转录酶基因区域与包膜基因没有很好的相关性,而包膜基因是用于分型的定义基因序列。M组HIV-1的其他亚型已经通过这种方法进行了有限程度的测试和验证。因此,基因型变异组N和O, hiv - 1 M组和一些non-B亚型分离可能会或可能不会被发现使用这种分析,,现在还不知道是否耐药变异解释为M亚型B组隔离适用于其他团体和hiv - 1病毒的亚型。
斯坦福HIV数据库团队定期更新斯坦福HIV数据库使用的耐药相关基因型变异密码子列表和解释规则。因此,检测结果不一定包括当前医学文献中描述的所有与抗性相关的变异密码子。
除产生耐药性外,治疗失败的可能原因是对用药方案的依从性差、药物效价和药代动力学的个体差异(如核苷磷酸化不足)。
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3.美国卫生和公众服务部成人和青少年抗逆转录病毒药物指南:成人和青少年艾滋病毒患者使用抗逆转录病毒药物指南。2019年7月10日。2021年8月16日更新。于2021年10月6日生效。可以在https://clinicalinfo.hiv.gov/sites/default/files/guidelines/documents/AdultandAdolescentGL.pdf