测试ID: LYNCP
林奇综合症小组，各不相同

建立局限性综合征或宪法错配修复缺乏的诊断，允许基于相关风险的有针对性的癌症监督

的识别MLH1，MSH2，MSH6，PMS2，或EPCAM.变异允许在家庭成员中进行预测性测试

该测试利用下一代测序来检测与林奇综合征相关的5个基因的单核苷酸和拷贝数变异:MLH1，MSH2，MSH6，PMS2，EPCAM（仅复制编号变体）。有关其他详细信息，请参阅方法描述，林奇综合症小组的靶向基因和方法论细节。

鉴定致病变异可以有助于诊断，预后，临床管理，家族性筛查和林奇综合征的遗传咨询。

看Lynch综合征测试算法。

(1) Lynch综合征(又称遗传性非息肉病结直肠癌:HNPCC)是一种常染色体显性遗传性肿瘤综合征，占所有结直肠癌病例的2% ~ 4%(2,3)。

林奇综合症与错配修复基因的种系变异有关，MLH1，MSH2，MSH6那PMS2，或删除的EPCAM.基因。其主要特征是结肠直肠癌和子宫内膜癌的风险显著增加。(2,3)癌症的终生风险高度可变，并依赖于相关基因。肿瘤范围内的其他恶性肿瘤包括胃癌、卵巢癌、肝胆道和上尿路癌以及小肠癌。

在同一失配基因中具有双层致病变体的个体面临宪法不匹配缺陷的风险，常染色体隐性儿童发作遗传性癌症综合征。（3）

全国综合癌症网络和美国癌症协会为林奇综合征的个人医疗管理提供了建议。（2,4）

将提供解释性报告。

根据美国医学遗传学和基因组学学院(ACMG)的建议，对所有检测到的变异进行评估。(5)根据已知、预测或可能的致病性对变异进行分类，并报告解释性评论，详细说明它们的潜在或已知意义。

临床相关性：
检测结果应结合临床表现、家族史和其他实验室数据进行解释。如果提供的信息不准确或不完整，可能会导致对结果的误解。

如果检查是由于有临床意义的家族史而进行的，那么首先检查受影响的家庭成员往往是有用的。在受影响的家庭成员中发现可报告的变异将有助于对高危个体进行更有信息的检测。

讨论进一步测试选项的可用性，或在解释这些结果的帮助下，可以联系Mayo临床实验室遗传辅助咨询商800-533-1710。

技术限制：
下一代测序可能无法检测到所有类型的基因组变体。在极少数情况下，可能发生假阴性或假阳性结果。对于某些目标区域，覆盖深度可能是可变的;将注意到低于最低可接受标准或失败区域的性能。鉴于这些限制，阴性结果不排除遗传症的诊断。如果怀疑特定的临床病症，可以考虑通过替代方法的评估。

由于检测技术的限制，可能有一些基因区域无法通过测序或缺失和重复分析进行有效评估，包括同源区域、高鸟嘌呤-胞嘧啶(GC)含量和重复序列。根据内部实验室标准，采用替代方法对选定的可报告变型进行确认。

这种测试被证实可以检测95%的75个碱基对的缺失和47个碱基对的插入。40或以上的插入/删除(indels)，包括移动元件插入，可能比较小的indels检测更不可靠。

删除/复制分析:

该分析针对单一和多外显子缺失/重复;然而，在某些情况下，由于序列覆盖或固有的基因组复杂性分离，因此不能实现单个外显子分辨率。可能无法检测到平衡的结构重排（例如易位和逆转）。

这个测试不是设计来检测低水平的镶嵌或区分体细胞和胚系变异。如果有可能任何检测到的变异是体细胞，可能需要额外的检测来澄清结果的重要性。

基于更新的临床相关性，可以添加或除去基因。对于该测试中包含的基因最多的最新列表。有关基因特定性能和技术限制的详细信息，请参阅方法描述，林奇综合症小组的靶向基因和方法论细节在特殊说明或联系实验室遗传辅导员。

如果患者具有同种异体造血干细胞移植或最近的异源输血，则由于供体DNA的存在，结果可能是不准确的。致电Mayyabo208o Clinic Laboratories，用于测试接受骨髓移植的患者的说明。

重新分类变体政策：
目前，实验室定期系统地审查以前分类过的变种还不是标准做法。实验室鼓励卫生保健提供者随时与实验室联系，了解特定变体的分类随时间的变化情况。

变体评估：
使用公开的美国医学遗传学和基因组学和分子病理建议作为指导性的分子病理学建议进行评估和分类。还可以考虑其他基因特异性指南。基于已知，预测或可能的致病性分类的变体，并报告具有细节其潜在或已知意义的解释性评论。没有报告分类为良性或可能良性的变体。

多种硅评价工具可用于帮助解释这些结果。硅评估工具预测的准确性高度依赖于给定基因的可用数据，定期更新这些工具可能会导致预测随着时间的推移而改变。从硅评估工具的结果应解释谨慎和专业的临床判断。

1. Hovlader N，Noone Am，Krapcho M，等人：Seer Cancer统计审查。1975-2018。国家癌症研究所。Updated 4月2021。访问了2021年7月7日。可提供：https://seer.cancer.gov/csr/1975_2018

2.Gupta S, Provenzale D, Llor X，等:NCCN指南2019年9月1日;17(9):1032-1041

3.Idos G, Valle L:林奇综合症。见:Adam MP, Ardinger HH, Pagon RA等编。GeneReviews(互联网)。华盛顿大学西雅图分校;2004.2021年2月2日更新。2021年5月4日生效。可以在www.ncbi.nlm.nih.gov /书/ NBK1211 /

4.Smith RA, Andrews KS, Brooks D，等:2019年美国癌症筛查:对当前美国癌症协会指南和癌症筛查当前问题的综述。9(3):184-210

5.Richards S, Aziz N, Bale S，等:解释序列变异的标准和指南:美国医学遗传学和基因组学学院和分子病理学协会的联合共识建议。Genet Med. 2015 May;17(5):405-424

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