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该检测采用ViroSeq HIV-1整合酶基因分型试剂盒(Abbott Molecular Inc., Des Plaines, IL)的改进方法。在给定的人类血浆标本中,用手工方法提取和纯化HIV-1 RNA。整个HIV-1整合酶序列被扩增,生成一个1100 bp的产物,作为4个测序引物的模板,设计用于生成一个约900 bp长的一致序列。ViroSeq Integrase Software version 1.0.0用于组装、编辑和分析这一共识序列中的突变,方法是将其与已知的参考(野生型)HIV-1序列进行比较。手动审查所有resistance-related密码子(见下表)所定义的执行http://hivdb.stanford.edu/DR/INIResiNote.html使用ViroSeq整合酶软件v1.0.0和每个共识序列分析了斯坦福HIVdb基因型耐药性解释算法的程序(http://sierra2.stanford.edu/sierra/servlet/JSierra)final interpretation of antiviral drug resistance.(Unpublished Mayo method)
HIV-1整合酶氨基酸序列的抗逆转录病毒耐药性相关密码子位置 |
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51 |
74 |
114 |
138 |
146 |
153 |
230 |
54 |
92 |
118 |
140 |
147 |
155 |
263 |
66 |
95 |
121 |
143 |
148 |
157 |
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68 |
97 |
128 |
145 |
151 |
163 |
不同