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雅培M样品制备系统套件与自动化雅培一起使用M2000服务提供商样品制备系统,基于磁粉技术从人血浆样本中提取和纯化病毒核酸。核酸提取和纯化程序中包含内部控制(IC),用于处理分析控制和临床样本。在磁性微粒上捕获核酸后,清洗微粒以去除未结合的样品成分。然后,从微粒中洗脱结合的核酸,并将洗脱液转移到含有PCR主混合试剂的96孔微量滴定板中进行扩增和检测。
在雅培的放大反应中M2000rt在该系统中,通过耐热rTth DNA聚合酶的DNA聚合酶活性扩增目标DNA。存在的靶RNA首先通过酶的逆转录酶活性转化为cDNA,然后进行扩增。HIV-1和IC靶点的扩增在同一反应中同时发生。此分析的目标序列位于波尔HIV-1基因组的整合酶区域,高度保守。IC序列来源于南瓜植物的羟基丙酮酸还原酶基因,西葫芦,并以已在阴性人血浆中稀释的铠装RNA颗粒输送。
在雅培的放大读取周期内M2000rt,温度降低,以允许在HIV-1和IC探针退火至各自目标时对扩增产物进行荧光检测(实时荧光检测)。HIV-1探针具有与5'端共价连接的荧光部分。短淬灭剂寡核苷酸与HIV-1探针的5'端互补,并在其3'端具有淬灭剂部分。在缺乏HIV-1靶点的情况下,HIV-1探针荧光通过与淬灭剂寡核苷酸杂交而淬灭。在存在HIV-1靶序列的情况下,HIV-1探针优先与靶序列杂交,与淬灭剂寡核苷酸分离,允许荧光检测。IC探针是一种单链DNA寡核苷酸,5'端有一个荧光团,3'端有一个猝灭剂。在没有IC序列的情况下,IC探针采用一系列随机构象,其中一些构象使猝灭剂与激发荧光团足够接近,以便在荧光发射之前吸收其能量。当IC探针结合到目标中的互补序列时,荧光团和猝灭剂分开,允许雅培公司进行荧光发射和检测M2000rt. HIV-1和IC特异性探针分别用不同的荧光团标记,从而允许同时检测两种扩增产物。(包装插页:雅培实时HIV-1 Qual;雅培分子公司,伊利诺伊州德斯普莱恩斯,2014年10月)
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