测试ID: CDGGP
先天性糖基化基因图谱紊乱

建立先天性糖基化障碍患者的分子诊断

识别已知与先天性糖基化紊乱相关的基因变异，以便对有风险的家庭成员进行预测检测

该测试利用下一代测序来检测与先天性糖基化障碍相关的141个基因的单核苷酸和拷贝数变异:ALDOB，ALDOC，ALG1，ALG11，ALG12，ALG13，ALG14，ALG2，ALG3，ALG5，ALG6，ALG8，ALG9，ARCN1，ARV1，ATP6AP1，ATP6V0A2，B3GALNT2，B3GALT6，B3GAT3，B3GLCT，B4GALNT1，B4GALT1，B4GALT7，B4GAT1，C1GALT1C1，CCDC115，CHST14，CHST3，CHST6，CHST8，CHSY1，COG1，COG2，COG4，COG5，COG6，COG7，COG8，DDOST，DHDDS，DOLK，DPAGT1，DPM1，DPM2，DPM3，内镜下动态慢动作影像，EOGT，EXT1，EXT2，FKRP，FKTN，FCSK，FUT8，G6PC3，盖尔，GALK1，GALNT2，GALNT3，高尔特，GET4，GFM1，GFPT1，GMPPA，GMPPB，斯通，GNPTAB，GOLIM4，GORASP2，CRPPA，LARGE1，LFNG，MAGT1，MAN1B1，MAN2B2，MBTPS1，MGAT1，MGAT2，mog，MPDU1，MPI，MPV17，NGLY1，NUS1，PAPSS2，PGAP2，PGAP3，PGM1，PGM2，PGM3，PIGA，PIGL，PIGM，PIGN，PIGO，PIGT，PIGV，PIGW，PMM1，PMM2，POFUT1，POGLUT1，POMGNT1，POMGNT2，POMK，POMT1，POMT2，PRKCSH，RFT1，RXYLT1，SEC23A，SEC23B，SEC63，SLC10A7，SLC26A2，SLC35A1，SLC35A2，SLC35A3，SLC35C1，SLC35D1，SLC37A4，SLC39A8，SRD5A3，SSR3，SSR4，ST3GAL3，ST3GAL5，STT3A，STT3B，STXBP1，SYP，特遣部队，TMEM165，TMEM199，TRAPPC9，TRAPPC11，TRIP11，TSTA3，TUSC3，VMA21，XYLT1．看到先天性糖基化基因图谱的靶向基因和方法学细节详见特殊说明和方法说明。

致病变异的鉴定可能有助于先天性糖基化疾病的诊断、预后、临床管理、家族筛查和遗传咨询。

可能会考虑/建议进行额外的一级测试。有关更多信息，请参见测试算法或排序指导部分。

看到溶酶体储存障碍诊断算法，第2部分在特殊的指令。

先天性糖基化障碍(CDG)，原名糖基化缺陷糖蛋白综合征，是一组影响蛋白质糖基化过程中多个步骤的疾病。CDG被分为5组。通过血清转铁蛋白和血清总n -聚糖分析检测到CDG I型和II型会有异常的生化结果(参见CDG /碳水化合物缺乏性转铁蛋白用于糖基化先天性疾病，血清)。在其他3组中，这些分析是正常的。

CDG I型疾病的特征是多酚连接的聚糖组装或转移的缺陷，而CDG II型包括聚糖部分加工的缺陷。

第三组为糖基磷脂酰肌醇(GPI)锚定蛋白糖基化紊乱。如果临床怀疑，流式细胞仪分析可以帮助诊断工作。

第四组涉及o -甘露糖基化障碍，这一过程主要发生在肌肉和脑组织。

第五组涉及去糖基化缺陷(如NAGLY1-CDG)。基质辅助激光解吸/电离飞行时间/飞行时间质谱(MALDI-TOF/TOF-MS)的尿液寡糖谱可能异常，有助于诊断工作。

CDG通常表现为多系统疾病，具有广泛的临床特征，包括发育迟缓、低张力、异常磁共振成像发现、皮肤表现和凝血功能障碍。这组疾病的严重程度有相当大的差异，从胎儿水肿到成人的轻度表现。几乎所有类型的CDG都是常染色体隐性遗传，但有些是x连锁的。

广泛的临床谱和遗传异质性使CDG的综合面板成为一个有用的工具，以建立一个具有提示临床特征的患者的诊断。

将提供一份解释性报告。

根据美国医学遗传学和基因组学学院(ACMG)的建议，对所有检测到的变异进行评估。(1)根据已知、预测或可能的致病性对变异进行分类，并报告解释性评论，详细说明它们的潜在或已知意义。

临床相关性:

检测结果应结合临床表现、家族史和其他实验室数据进行解释。如果提供的信息不准确或不完整，可能会导致对结果的误解。

如果检查是由于有临床意义的家族史而进行的，那么首先检查受影响的家庭成员往往是有用的。在受影响的家庭成员中发现可报告的变异将有助于对危险个体进行更有信息的检测。

为了讨论进一步检测选项的可用性，为一般检测选择提供帮助，或为这些结果的解释提供帮助，可以联系梅奥诊所实验室的遗传顾问，电话:1-800-533-1710。

技术的局限性:

下一代测序可能无法检测到所有类型的基因组变异。在极少数情况下，可能会出现假阴性或假阳性结果。对于某些靶区，覆盖深度可能是可变的，但检测性能低于最低可接受标准或失败区域将被注意到。鉴于这些局限性，阴性结果并不排除遗传疾病的诊断。如果怀疑有特定的临床疾病，可以考虑采用其他方法进行评估。

如果患者曾接受过异基因造血干细胞移植或最近的异体输血，这些结果可能由于捐献者DNA的存在而不准确。请致电梅奥yabo208诊所实验室，了解如何对接受骨髓移植的病人进行检测。

由于检测技术的限制，可能存在基因区域无法有效扩增用于测序或缺失和重复分析，包括同源区域、高鸟嘌呤-胞嘧啶(GC)含量和重复序列。根据内部实验室标准，采用替代方法对选定的可报告变型进行确认。

该方法不能可靠地检测40个或更多碱基对(bp)的插入/缺失(indels)，包括Alu插入、长核杂散元素(LINES)和短核杂散元素(SINES)。生物信息学软件管道被证实可以检测95%的75 bp以下的缺失和47 bp以下的插入。

此外，低水平的镶嵌变体可能无法检测到。

这个测试不是为了区分体细胞变异和种系变异。如果有可能任何检测到的变异是体细胞，可能需要额外的检测来澄清结果的重要性。

Variants-Policy重新分类:

目前，实验室定期系统地审查以前分类过的变种还不是标准做法。实验室鼓励卫生保健提供者随时与实验室联系，以了解某一特定变体的状态随时间的变化情况。

变体的评估:

根据美国医学遗传学和基因组学学院(ACMG)和分子病理学协会(AMP)的建议，评估和分类变异。(1)其他基因特异性指南也可以考虑。变异是根据已知的、预测的或可能的致病性进行分类的，并以解释性注释详细说明其潜在的或已知的意义。分类为良性或可能良性的变异没有报告。

多种硅评价工具可用于帮助解释这些结果。硅评估工具预测的准确性高度依赖于给定基因的可用数据，定期更新这些工具可能会导致预测随着时间的推移而改变。从硅评估工具的结果应解释谨慎和专业的临床判断。未预测会影响剪接或导致疾病的内含子和同义序列变异尚未报道。

1.Richards S, Aziz N, Bale S，等:解释序列变异的标准和指南:美国医学遗传学和基因组学学院和分子病理学协会的联合共识建议。Genet Med. 2015 May;17(5):405-424

2.Freeze HH, Chong JX, Bamshad MJ，等:解决糖基化障碍:基本途径揭示复杂的途径。中国科学(d辑):地球科学(英文版)

3.Krasnewich D:人类糖基化紊乱。癌症Biomark。2014;14 (1):3-16

• 分子遗传学:生化疾病患者信息
• 基因检测的知情同意
• 基因检测的知情同意(西班牙语)
• 溶酶体储存障碍诊断算法，第2部分
• 先天性糖基化基因图谱的靶向基因和方法学细节