测试ID: LSDGP
溶酶体储存疾病基因小组,各不相同

跟进异常生化结果和确认疑似溶酶体储存疾病(LSD)

建立一个分子诊断患者的迷幻药

识别在已知的基因变异与LSD,允许预测高危家庭成员的测试

这个测试利用下一代测序检测单核苷酸和56个基因拷贝数变异与溶酶体储存疾病有关:AGA, ARSA、ARSB ASAH1、ATP13A2 CHIT1, CLN3, CLN5, CLN6, CLN8,卡通,CTSA目前,CTSD, CTSF, CTSK, DNAJC5, FUCA1,棉酚,GALC, GALNS, GBA, GFAP,杯子,GLB1, GM2A, GNPTAB, GNPTG, GNS,入库单,GUSB,六,HEXB, HGSNAT, HYAL1, id, IDUA, KCTD7, LAMP2,脂肪酶,MAN2B1, MANBA, MCOLN1, MFSD8,娜迦,NAGLU, NEU1, NPC1, NPC2, PANK2, PPT1, PSAP, SGSH, SLC17A5, SMPD1, SUMF1 TPP1。看到目标基因和溶酶体储存疾病基因的方法细节面板在特殊说明和方法描述额外的细节。

鉴定致病变种可能协助诊断、预后、临床管理、家族性筛选和溶酶体储存疾病遗传咨询。

额外的一线测试可能被视为/建议。更多信息见订购指导和测试算法部分。

看到溶酶体储存障碍诊断算法,第2部分在特殊的指令。

溶酶体储存疾病(LSD)包含一组40多个继承的生化疾病基因变异导致溶酶体功能缺陷。细胞溶酶体执行分解代谢的功能,是通过活动等各种蛋白质的溶酶体酶,运输蛋白质,和其他蛋白质。在这些蛋白质功能赤字导致细胞基质的积累导致进步的器官功能障碍。

这导致变量临床特征会影响心血管,神经,目镜,和骨骼系统等。临床特征依赖于衬底积累的数量和位置,但可能包括以下:特色面部特征(粗特性),肝肿大,耳聋、视力丧失,骨骼异常发现,胎儿水肿、共济失调、肌张力减退、发育迟缓/回归,和智力残疾。发病的年龄是可变的,症状从产前时期到成年,但一般LSD是进步和造成严重的发病率和死亡率减少寿命。酶替代治疗和口服衬底抑制剂是治疗选择一些迷幻药。

LSD是在一个常染色体隐性遗传方式除了猎人,Fabry和Danon疾病x连锁。有创始人变异与特定LSD在德系犹太人和芬兰的人口,导致增加了一些载波频率。总的来说,LSD的患病率估计在1 7000年至1 8000年。

神经元ceroid lipofuscinoses LSD (NCL)的一个子集,包含有缺陷的细胞脂质处理。NCL由癫痫临床特点,知识和运动减少,和失明。电子显微镜通常显示了颗粒的特性积累osmophilic存款(GROD),曲线资料(CVB),或指纹档案(FP)。酶测试可能显示缺乏palmitoyl-protein thioesterase 1 (PPT1) tripeptidyl-peptidase 1 (TPP1),或组织蛋白酶D (CTSD)。目前至少有14个遗传学上截然不同的形式。

发病的年龄和临床特征变量,从先天性成人发病。NCL通常是在一个常染色体隐性遗传方式,尽管一个成人发病形式(ANCL;DNAJC5基因)已被证明是常染色体显性遗传。

这个小组包括43基因的测序相关各种迷幻药,以及特定于NCL 15个基因。

改变这个面板上的各种基因也与帕金森病相关或路易的身体疾病。这些改变不是报道18岁以下的人,但可按照客户要求定制。

一个将提供解释报告。

所有检测到的变化评估根据美国大学医学遗传学和基因组学(ACMG)建议。(1)变体进行分类的基础上,预测,或可能的致病性和报告详细注释解释他们的潜在的或已知的意义。

临床相关性:

测试结果应该在上下文中解释临床发现,家族史和其他实验室数据。误解的结果可能发生如果提供的信息不准确或不完整的。

如果测试执行,因为临床上重要的家族史,这第一个测试通常是很有用的一个家庭成员的影响。检测可报告的变体的影响家庭成员将允许更多的测试风险的个人。

进一步讨论的可用性测试选项,协助一般测试选择,或协助解释这些结果,梅奥诊所实验室遗传辅导员可以联系800-533-1710。

技术的局限性:

下一代测序可能无法检测所有类型的基因变异。在极少数情况下,可能出现假阴性或假阳性结果。的深度报道可能对一些目标区域变量,但试验性能低于最低可接受的标准或失败的地区将会指出。考虑到这些限制,负面结果不排除遗传性疾病的诊断。如果特定的临床疾病被怀疑,评估替代方法可以考虑。

如果病人有同种异体造血干细胞移植或最近的异种输血,这些结果可能是不准确的由于供体DNA的存在。叫梅奥诊所yabo208实验室说明测试的病人接受了骨髓移植手术。

可能存在区域的基因测序或删除不能有效放大,重复分析由于技术的局限性分析,包括区域的同源性、高guanine-cytosine (GC)内容,和重复序列。确认选择可报告的变异将由替代方法基于内部实验室标准。

这个试验不可靠地检测插入/删除(indels) 40以上的碱基对(bp),包括Alu插入,长点缀的核元素(行),和短点缀的核元素(正弦)。生物信息学软件验证管道检测95%的删除75基点和插入到47个基点。此外,低水平花叶变异可能不能被检测到。

这个测试不是为了区分体细胞和生殖系变体。是否有可能检测到变异体细胞,额外的测试可能需要澄清的结果的意义。

Variants-Policy重新分类:

此时,它不是标准实践的实验室系统地回顾之前定期分类变量。实验室鼓励卫生保健提供者联系实验室随时了解一个特定的变体的状态随着时间的推移可能会改变。

变体的评估:

执行评估和分类变量使用发表美国大学医学遗传学和基因组学(ACMG)和分子病理学协会(AMP)作为指导原则建议。(1)还可以考虑其他基因的具体指导方针。基于已知变异进行分类,预测,或可能的致病性和报告详细注释解释他们的潜在的或已知的意义。变异分为良性或可能良性不报道。

多在网上评估工具可以用来帮助解释这些结果。预测的准确性由在硅片评估工具是高度依赖于数据对于一个给定的基因,并定期更新这些工具可能导致预测随时间变化的。结果在网上评估工具进行解释时应特别谨慎和专业临床判断。Intronic和同义的序列变异不预测影响拼接或导致疾病都没有报告。

1。理查兹,阿齐兹N,贝尔,et al:标准和指导方针的序列变异的解释:一个联合一致推荐的美国大学医学遗传学和基因组学和分子病理学协会。地中海麝猫。2015年5月,17 (5):405 - 424

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• 分子遗传学:生化紊乱患者信息
• 基因检测的知情同意
• 知情同意的基因检测(西班牙语)
• 溶酶体储存障碍诊断算法,第2部分
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