测试ID: CHLGP
胆汁淤积症基因面板，各不相同

建立胆汁淤积患者的分子诊断

识别已知与胆汁淤积有关的基因变异，以便对有风险的家庭成员进行预测测试

该测试利用下一代测序来检测112个与胆汁积滞相关基因的单核苷酸和拷贝数变异:ABCB11、ABCB4 ABCC2、ABCG5 ABCG8, ABHD5, ACOX1,榴弹炮,AGPAT2, AKR1D1, ALDOA, ALDOB, AMACR, ARSB, ASAH1, ATP8B1, BAAT, BSCL2, CAVIN1, CC2D2A, CIDEC, CLDN1,雌性生殖道,CYP27A1, CYP7A1, CYP7B1, DCDC2, DGUOK, DHCR7, EHHADH, c大调,FBP1, FUCA1, G6PC,棉酚,GALNS, GBA, GBE1, GLB1,带有GNPTAB, GNS, GUSB, HADHA, HGSNAT, HNF1B, HSD17B4, HSD3B7, id, IDUA,发票,Jag1, kcnh1, lipa, man2b1, mks1, mpv17, mvk, naglu, neu1, notch2, npc1, npc2, nphp1, nphp3, nphp4, nr1h4, pepd, pex1, pex10, pex11b, pex12, pex13, pex14, pex16, pex19, pex2, pex26, pex3, pex5, pex6, pex7, phka2, phkb, phkg2, pkhd1, pnpla2, polg, prkag2, psap, pygl, scp2, serpina1, sgsh, slc10a1, slc10a2, slc25a13, slc27a5, slc37a4，Slc7a7, smpd1, sumf1, taldo1, tjp2, tmem216, trim37, trmu, ugt1a1, vipas39, vps33a, vps33b。

看到胆汁淤积症基因图谱的靶向基因和方法学细节详见特殊说明和方法说明。

致病变异的识别可能有助于诊断、预后、临床管理、家族筛查和遗传咨询导致胆汁淤积的疾病。

胆汁淤积是胆汁流动减少或阻塞，导致黄疸、瘙痒、肝肿大和脾肿大。胆汁淤积可能是进行性家族性肝内胆汁淤积症(PFIC)的主要临床症状，也可能是多种遗传疾病导致多系统疾病的众多症状之一。

PFIC是一组由胆汁分泌或运输缺陷引起的疾病，在婴儿或儿童时期可导致肝内胆汁淤积。分子定义的PFIC有5种类型:FIC1 (ATP8B1基因),PFIC2 (ABCB11基因),PFIC3 (ABCB4基因),PFIC4 (TJP2基因)和PFIC5 (NR1H4基因)。pfic 1、2和4的-谷氨酰基转移酶(GGT)正常至轻微升高。pfic3导致血清GGT显著升高，而PFIC5导致低至正常GGT水平。

PFIC可表现为新生儿胆汁淤积，但最常见的是在3个月左右出现PFIC2，最常见的类型。对患有胆汁淤积症的婴儿和儿童的研究表明，12%到13%的人有PFIC的分子证实。疾病进展可导致肝衰竭和肝细胞癌。肝移植是一种有效的治疗方法，但对多系统PFIC1的治疗效果不如其他类型。然而，有显著的死亡率，87%的PFIC患者无法存活。

多种其他遗传疾病也可导致胆汁淤积，如阿拉吉勒综合征(JAG1和NOTCH2α -1抗胰蛋白酶缺乏(SERPINA1基因)、关节挛缩、肾功能障碍和胆汁淤积(ARC)综合征(VPS33B和VIPAS39基因),citrullinemia (SLC25A13基因)，先天性胆汁酸合成缺陷(HSD3B7和AKR1D1基因)、家族性高胆贫血(BAAT基因)、新生儿鱼鳞病硬化性胆管炎综合征(CLDN1基因)、Crigler-Najjar综合征I型或II型或Gilbert综合征(UGT1A1)．此外，过氧化物酶体障碍(PEX基因)和线粒体疾病可能包括胆汁淤积性肝病等特征。

一个全面的基因图谱是建立诊断胆汁淤积患者的快速和可靠的一级检测

将提供一份解释性报告。

根据美国医学遗传学和基因组学学院(ACMG)的建议，对所有检测到的变异进行评估。(1)根据已知、预测或可能的致病性对变异进行分类，并报告解释性评论，详细说明它们的潜在或已知意义。

临床相关性:

检测结果应结合临床表现、家族史和其他实验室数据进行解释。如果提供的信息不准确或不完整，可能会导致对结果的误解。

如果检查是由于有临床意义的家族史而进行的，那么首先检查受影响的家庭成员往往是有用的。在受影响的家庭成员中发现可报告的变异将有助于对危险个体进行更有信息的检测。

为了讨论附加检测选项的可用性，为一般检测选择提供帮助，或为这些结果的解释提供帮助，可以联系梅奥诊所实验室的遗传顾问，电话800-533-1710。

技术的局限性:

下一代测序可能无法检测到所有类型的基因组变异。在极少数情况下，可能会出现假阴性或假阳性结果。对于某些靶区，覆盖深度可能是可变的，但检测性能低于最低可接受标准或失败区域将被注意到。鉴于这些局限性，阴性结果并不排除遗传疾病的诊断。如果怀疑有特定的临床疾病，可以考虑采用其他方法进行评估。

如果患者曾接受过异基因造血干细胞移植或最近的异体输血，这些结果可能由于捐献者DNA的存在而不准确。请致电梅奥yabo208诊所实验室，了解如何对接受骨髓移植的病人进行检测。

由于检测技术的限制，可能存在基因区域无法有效扩增用于测序或缺失和重复分析，包括同源区域、高鸟嘌呤-胞嘧啶(GC)含量和重复序列。根据内部实验室标准，采用替代方法对选定的可报告变型进行确认。

该方法不能可靠地检测40个或更多碱基对(bp)的插入/缺失(indels)，包括Alu插入、长核杂散元素(LINES)和短核杂散元素(SINES)。生物信息学软件管道被证实可以检测95%的75 bp以下的缺失和47 bp以下的插入。此外，低水平的镶嵌变体可能无法检测到。

这个测试不是为了区分体细胞变异和种系变异。如果有可能任何检测到的变异是体细胞，可能需要额外的检测来澄清结果的重要性。

Variants-Policy重新分类:

目前，实验室定期系统地审查以前分类过的变种还不是标准做法。实验室鼓励卫生保健提供者随时与实验室联系，以了解某一特定变体的状态随时间的变化情况。

变体的评估:

根据美国医学遗传学和基因组学学院(ACMG)和分子病理学协会(AMP)的建议，评估和分类变异。(1)其他基因特异性指南也可以考虑。变异是根据已知的、预测的或可能的致病性进行分类的，并以解释性注释详细说明其潜在的或已知的意义。分类为良性或可能良性的变异没有报告。

多种硅评价工具可用于帮助解释这些结果。硅评估工具预测的准确性高度依赖于给定基因的可用数据，定期更新这些工具可能会导致预测随着时间的推移而改变。从硅评估工具的结果应解释谨慎和专业的临床判断。未预测会影响剪接或导致疾病的内含子和同义序列变异尚未报道。

1.Richards S, Aziz N, Bale S，等:解释序列变异的标准和指南:美国医学遗传学和基因组学学院和分子病理学协会的联合共识建议。Genet Med. 2015 May;17(5):405-424

2.Baker A, Kerkar N, Todorova L，等:进展性家族性肝内胆汁淤积症的系统综述。国际肝病杂志。2019;43(1):20-36

3.Chowdhury J, Wolkoff AW, Chowdhury N, Arias IM:遗传性黄疸与胆红素代谢障碍。见:Valle D, Antonarakis S, Ballabio A, Beaudet A, Mitchell GA，编。遗传疾病的在线代谢和分子基础。麦格劳-希尔;2020年1月7日生效。可以在http://ommbid.mhmedical.com/content.aspx?bookid=2709§ionid=225541453

• 分子遗传学:生化疾病患者信息
• 基因检测的知情同意
• 基因检测的知情同意(西班牙语)
• 胆汁淤积症基因图谱的靶向基因和方法学细节