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测试ID:GATA2
gata结合蛋白2(gata2.),全基因,下一代测序变化

对...有用建议临床疾病或测试可能有帮助的环境

综合评价gata2.提示gata结合蛋白2 (GATA2)缺乏的临床或免疫症状患者的基因

筛查患者的家庭成员确认的GATA2缺乏

遗传学测试信息提供可能有助于选择正确的遗传测试或适当提交测试请求的信息

该测试包括下一代测序和补充Sanger测序。

鉴定致病变异可有助于预后,临床管理,家族性筛查和遗传咨询。

测试算法描述将测试添加到初始顺序时的情况。这包括反射和其他测试。

适用于皮肤活组织检查或培养的成纤维细胞标本,成纤维细胞培养和冷冻保存测试将在额外的电荷下进行。如果未获得可行的单元格,则会通知客户。

临床信息讨论生理学,病理生理学和一般临床方面,因为它们与实验室测试有关

gata结合蛋白2 (GATA2)缺陷是成人中第二大最常见的原发性免疫缺陷疾病(PIDD)或先天性免疫错误,仅次于常见可变免疫缺陷(CVID)。有一系列与GATA2缺陷相关的临床表现,包括严重的病毒感染(例如,人乳头瘤病毒[HPV]),疣,真菌感染,细菌感染(例如,非泛滥的分枝杆菌感染,如不泛骨分枝杆菌感染[NTM]或分枝杆菌复合体[MAC]),髓细胞增生综合征(MDS),急性髓性白血病(AML)和Emberger综合征(MDS初级淋巴米症)。GATA2缺乏的其他临床表型可包括增障贫血,肺部肺泡蛋白症(PAP),感觉内听力丧失,中性粒细胞病和未经诊断的先天性淋巴水肿。免疫表型包括树突细胞,单核细胞,CD4 + T细胞,B和天然杀伤(NK)细胞缺陷。此外,在这些患者中报道了特异性NK细胞子集CD56亮NK细胞的丧失。GATA2不足最早在2011描述为与任一MONOMAC(单核细胞减少和分枝杆菌感染)综合征或DCML缺乏(树突状细胞,单核细胞,B细胞和NK细胞淋巴细胞缺乏)相关联。

GATA2是锌指转录因子,参与造血干细胞祖细胞的产生和功能,因此影响了几种后续细胞谱系。

GATA2缺乏是一种臭氧水能疾病,大多数种系变体似乎都会出现DE NOVO(自发),而是以常染色体的主要方式传播。标准基因型 - 表型相关性难以制造,因为存在相当大的临床异质性,并且呈现年龄从幼儿早期变化到成年生命的晚期。此外,可能存在引发某些传染表现的环境因素的作用。由于GATA2缺乏以及可变性富有变性(同一遗传变异的不同临床介绍),存在不完全不完全的渗透(并不具有变体的每种临床表型)。观察到的遗传改变gata2.是异质性的,包括错义变异体、无义变异体、内含子5调控区变异体、涉及c端锌指结构域的框内缺失、移帧变异体和大缺失。后者与空等位基因有关,而在内含子5的增强子区域已经观察到调控变异。

躯体变异ASXL1已在GATA2缺乏患者中报道,已经假设与转化与髓性白血病的转化相关。GATA2缺乏的最终治疗是造血细胞移植(HCT)。此外,系统使用干扰素-α可以有助于NK细胞缺乏的患者具有复发或严重的HPV或疱疹病毒感染。此外,可能在非翻译患者中需要预防性抗生素。在GATA2缺乏中观察到的肺部肺泡蛋白表达是抗GM-CSF自身抗体的阴性结果的背景下,在HCT后已被证明改善,并表明肺泡巨噬细胞功能的校正。

GATA2缺陷的早期遗传诊断对于确定考虑广泛的临床光谱来确定疾病的策略至关重要。遗传诊断通过确认致病性gata2.Variant还可以帮助家庭咨询和筛查。

参考值描述用于解释测试结果的参考间隔和附加信息。可能包括基于年龄和性别的间隔时间。间隔是mayo派生的,除非另有指定。如果提供了解释性报告,参考值字段将说明这一点。

将提供解释性报告。

解释提供有助于解释测试结果的信息

使用最近发表的美国医学遗传学和基因组学(ACMG)建议进行评估和分类。基于已知的,预测或可能的致病性分类变体,并报告了细节其潜在或已知意义的解释性评论。

除非报道或预测会引起疾病,否则未报道内含子深部的改变或不会导致氨基酸取代的改变。

注意事项讨论可能导致诊断混淆的条件,包括不当的标本收集和处理,不适当的测试选择和干扰物质

确定的变体的命名法gata2.基因可能根据所使用的参考转录物而变化。在将结果与发表的文献比较时,请记住这一事实。

临床相关性:

有一些涉及面板上一种或多种基因的个体可以具有未被进行的方法(例如,启动子变体,深内肾内含量)的方法鉴定的变体。因此,没有变异,因此不会消除疾病的可能性。测试结果应在临床调查结果,家族史和其他实验室数据的背景下解释。如果提供的信息不准确或不完整,则可能会出现对结果的误解。

对于对无症状的预测性测试,首先测试受影响的家庭成员通常是有用的。鉴定受影响的个体中的致病变异允许对风险危险的个体进行更丰富的测试。

技术限制:

下一代测序可能无法检测所有类型的遗传变体。另外,可能存在罕见变体,其可能导致假阴性或假阳性结果。如果结果与临床发现不匹配,则考虑用于分析这些基因的替代方法,例如Sanger测序或大缺失/复制分析。

如果患者具有同种异体血液或骨髓移植或近期(即来自样品收集时间的<6周)异源输血,由于供体DNA的存在,结果可能是不准确的。

评估工具:

多种硅评价工具可用于帮助解释这些结果。硅评估工具做出的预测的准确性高度依赖于给定基因的可用数据,这些工具做出的预测可能会随着时间而改变。从硅评估工具的结果应解释谨慎和专业的临床判断。

重新分类变体 - 政策:

此时,实验室没有标准做法,以系统地评估可能的致病变异或变异的致病性致病性,其意义是检测和报道的不确定意义。实验室鼓励医疗保健提供者随时与实验室联系,以了解特定变体的地位如何随时间变化。与医疗保健提供者或医疗保健提供者团队进行磋商,遗传学和主要免疫缺乏专业知识,建议解释这一结果。

可根据要求从实验室获得检测到检测到的良性和可能的​​良性变体列表。

如果需要用于结果分析的转录本或人类基因组装配的额外信息,请与实验室联系。

临床参考临床性质的深入阅读的建议

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4.Mace EM, Hsu AP, gao - shawver L, et al .:突变gata2.引起人体NK细胞缺乏CD56Bright子集的特定损失。血液2013; 121:2669-2677

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7. Cuellar-Rodriguez J,Gea-Banacloche J,Freeman AF,等:GATA2缺乏的成功同种异体造血干细胞移植。血2011; 118:3715-3720

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