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进行下一代测序(NGS)和/或Sanger测序,以测试分析基因的编码区域和内含子/外显子边界的存在,以及一些已知的致病变体的其他区域。人类基因组参考GRCH37/HG19构建用于序列读取。至少99%的基础覆盖在30倍以上的读取深度。对于单核苷酸变体的敏感性估计高于99%,插入/缺失(indels)小于40碱基对(BP)的敏感性高于94%,高达75 bp的缺失且插入高达47 bp的95%以上。NGS,多重连接依赖性探针扩增(MLPA),和/或基于聚合酶链反应(PCR)的定量方法,以测试分析基因中缺失和重复的存在。进行PCR和凝胶电泳以测试是否存在10兆瓦的倒置,编码外显子1-7MSH2基因。有关每个测试分析的靶向基因的详细信息,请参见遗传性胰腺癌小组的靶向基因和方法论细节在特殊说明中。
由于测定的技术局限性,包括同源性区域,高鸟嘌呤 - 酪氨酸(GC)含量和重复序列,可能有一些基因区域无法通过测序或缺失和重复分析来有效评估。有关特定基因区域未经常涵盖的详细信息,请参见遗传性胰腺癌小组的靶向基因和方法论细节在特殊说明中。
根据内部实验室标准,可以通过替代方法进行确认。(未发表的Mayo方法)
分析的基因:ATM,BRCA1,BRCA2,CDKN2A,EPCAM(仅复制号变体),MLH1,MSH2,MSH6,PALB2,PMS2,STK11,TP53
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